53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_R0006 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  100 
 
 		 304 bp  603  1e-170  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  96.55 
 
 		 261 bp  446  1e-123  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_304  sRNA  92.71 
 
 		 303 bp  135  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.430472  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    81.58 
 
 		 303 bp  85.7  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 303 bp  83.8  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0361  hypothetical protein  95.65 
 
 		 147 bp  75.8  0.000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.268079  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  87.18 
 
 		 297 bp  75.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    87.18 
 
 		 358 bp  75.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  97.5 
 
 		 295 bp  71.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  85.23 
 
 		 354 bp  63.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  84.88 
 
 		 353 bp  60  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  84.88 
 
 		 356 bp  60  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  83.15 
 
 		 213 bp  58  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  94.59 
 
 		 326 bp  58  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    96.97 
 
 		 330 bp  58  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  94.44 
 
 		 359 bp  56  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    82.95 
 
 		 295 bp  56  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  94.29 
 
 		 288 bp  54  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 315 bp  54  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 357 bp  54  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  85.92 
 
 		 333 bp  54  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 327 bp  54  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  85.92 
 
 		 333 bp  54  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 356 bp  54  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 373 bp  54  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  94.29 
 
 		 315 bp  54  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  94.29 
 
 		 302 bp  54  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  83.91 
 
 		 369 bp  54  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  83.72 
 
 		 318 bp  52  0.00009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 284 bp  52  0.00009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 		 298 bp  52  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    83.72 
 
 		 352 bp  52  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  83.72 
 
 		 352 bp  52  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 305 bp  52  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 332 bp  50.1  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 329 bp  50.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 328 bp  50.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 323 bp  50.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 308 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  87.72 
 
 		 327 bp  50.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 305 bp  48.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  93.75 
 
 		 301 bp  48.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0067  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 382 bp  48.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0337579  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  96.43 
 
 		 313 bp  48.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    96.43 
 
 		 296 bp  48.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    96.43 
 
 		 296 bp  48.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  93.75 
 
 		 304 bp  48.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  88.37 
 
 		 349 bp  46.1  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  81.61 
 
 		 363 bp  46.1  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 298 bp  46.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  86.27 
 
 		 422 bp  46.1  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  96.3 
 
 		 292 bp  46.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>