64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0013 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0049  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0031  tRNA-Pro  88.61 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0033  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0058  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210923  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0055  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000146939  hitchhiker  0.0000109613 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0035  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124879  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0041  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0038  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000418206  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0045  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000857544  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0035  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000012695  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0042  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000616467  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.181284  normal  0.105985 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0004  tRNA-Val  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0054  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0029  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.264372  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0026  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000262192  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt29  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0066  tRNA-Val  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60110  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0006  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0002  tRNA-Asp  96.67 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0021  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.979827  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0092  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>