199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0038 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000418206  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0045  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000857544  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0049  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  84 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0297  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000682634  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0563  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1731  hypothetical protein  90.48 
 
 		 534 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.263329  normal  0.0279515 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0272  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2522  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2533  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122772  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0263  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.534581  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2226  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000065452  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2237  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000142881  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 69 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  96.67 
 
 		 207 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0256009 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.704377 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07670  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>