262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1227 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1227  thymidylate synthase  100 
 
 		 276 aa  573  1.0000000000000001e-162  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.101938  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0188  thymidylate synthase  82.97 
 
 		 276 aa  495  1e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0632  thymidylate synthase  64.89 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0906  thymidylate synthase  42.49 
 
 		 264 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1050  thymidylate synthase  42.49 
 
 		 264 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2027  thymidylate synthase  40.29 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.242999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1309  thymidylate synthase  40.6 
 
 		 264 aa  202  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00097821  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1289  thymidylate synthase  39.92 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.994913  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1751  thymidylate synthase  39.56 
 
 		 264 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575891  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1962  thymidylate synthase  38.24 
 
 		 264 aa  193  3e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6453  thymidylate synthase  43.32 
 
 		 264 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1410  hypothetical protein  37.87 
 
 		 264 aa  192  5e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.290298 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2021  thymidylate synthase  40.6 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2040  thymidylate synthase  37.27 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00561284  normal  0.510775 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2572  thymidylate synthase  37.36 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.31562  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09380  thymidylate synthase  35.42 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.21237  normal  0.43537 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  41.08 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0593  thymidylate synthase  39.56 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.931359 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2747  Thymidylate synthase  37.89 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0662  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4525  thymidylate synthase  36.94 
 
 		 264 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.659361 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2822  thymidylate synthase  37.64 
 
 		 264 aa  188  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0100579  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1581  thymidylate synthase  37.87 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000941291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4213  thymidylate synthase  38.97 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1792  thymidylate synthase  37.87 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0699  thymidylate synthase  36.19 
 
 		 264 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312797  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3514  thymidylate synthase  37.69 
 
 		 264 aa  185  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.34042  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1355  thymidylate synthase  37.87 
 
 		 264 aa  185  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0892428  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2660  thymidylate synthase  37.69 
 
 		 264 aa  185  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2887  Thymidylate synthase  37.69 
 
 		 264 aa  185  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.189852  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1399  thymidylate synthase  37.87 
 
 		 264 aa  185  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3385  thymidylate synthase  40.6 
 
 		 283 aa  184  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2728  thymidylate synthase  36.84 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.218702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0371  thymidylate synthase  40.32 
 
 		 264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.634386  normal  0.315482 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2782  Thymidylate synthase  37.31 
 
 		 264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0986115  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3195  thymidylate synthase  37.27 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2589  thymidylate synthase  36.76 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04649  thymidylate synthase  37.13 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0874843  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2060  thymidylate synthase  37.45 
 
 		 267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0436  thymidylate synthase  41.77 
 
 		 264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4007  thymidylate synthase  39.46 
 
 		 264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.997554  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0926  thymidylate synthase  37.45 
 
 		 264 aa  182  7e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.631191  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2448  thymidylate synthase  39.68 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.848435  normal  0.156064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0901  thymidylate synthase  37.5 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1449  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1504  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3354  thymidylate synthase  38.61 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04480  thymidylate synthase  41.37 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03706  thymidylate synthase  35.21 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3269  thymidylate synthase  38.24 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0325419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3821  thymidylate synthase  39.54 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0782248  normal  0.435378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3014  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6100  thymidylate synthase  39.23 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.50271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2032  Thymidylate synthase  38.13 
 
 		 271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00060457  hitchhiker  0.0000668058 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0864  Thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1091  thymidylate synthase  36.19 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0270966 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1471  thymidylate synthase  37.15 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2974  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0248193  normal  0.0110834 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4093  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00531915  normal  0.186397 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2973  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.942182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0888  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3147  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00502438  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3035  thymidylate synthase  40.24 
 
 		 264 aa  179  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0097  thymidylate synthase  36.43 
 
 		 264 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1729  thymidylate synthase  36.82 
 
 		 277 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2351  thymidylate synthase  38.22 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.914614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1592  thymidylate synthase  34.32 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00136284  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02675  thymidylate synthase  40.89 
 
 		 264 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02636  hypothetical protein  40.89 
 
 		 264 aa  178  9e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0282174  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2036  thymidylate synthase  38.46 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  39.52 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1242  thymidylate synthase  38.99 
 
 		 274 aa  176  4e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0595722  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1036  thymidylate synthase  37.27 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0984  thymidylate synthase  37.27 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00298799  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3266  thymidylate synthase  38.08 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394281  normal  0.266288 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3172  thymidylate synthase  38.98 
 
 		 298 aa  175  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0350  thymidylate synthase  38.61 
 
 		 277 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.82099  normal  0.227002 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1823  thymidylate synthase  38.98 
 
 		 284 aa  175  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10557  hitchhiker  0.00355293 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5002  thymidylate synthase  38.13 
 
 		 273 aa  175  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000135835  normal  0.749841 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3238  thymidylate synthase  37.27 
 
 		 264 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1260  thymidylate synthase  38.19 
 
 		 282 aa  175  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000721083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1664  thymidylate synthase  39.37 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1904  thymidylate synthase  39 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2832  thymidylate synthase  38.29 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3148  thymidylate synthase  40.08 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3214  thymidylate synthase  40.08 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0238211 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3165  thymidylate synthase  40.08 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.623255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3228  thymidylate synthase  40.08 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434826 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3328  thymidylate synthase  40.08 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937763 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23310  thymidylate synthase  38.25 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245903  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0947  thymidylate synthase  38.71 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.014257 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2802  thymidylate synthase  38.46 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395384  normal  0.702269 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2331  thymidylate synthase  36.96 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1450  thymidylate synthase  38.19 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.810743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1854  thymidylate synthase  35.69 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.247947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48170  thymidylate synthase  38.31 
 
 		 264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0600  Thymidylate synthase  36.2 
 
 		 269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2781  thymidylate synthase  33.7 
 
 		 264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0907  thymidylate synthase  36.16 
 
 		 264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4970  thymidylate synthase  37.59 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>