More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tMet03 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  94.59 
 
 		 76 bp  115  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  94.52 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  95.31 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0030  tRNA-Met  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410556  normal  0.490456 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  98.15 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0753  tRNA-Met  92.96 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0540995  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0058  tRNA-Met  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  90.91 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  90.91 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  90.91 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000520832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0045  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0037  tRNA-Met  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1097  tRNA-Met  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3199t  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.976924  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2792  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000935283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2795  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000169803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2478  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00948036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2481  tRNA-Met  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000303707  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0021  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.114788  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3201t  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3203t  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0045  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207036  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0036  tRNA-Met  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465493  normal  0.444935 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3204t  tRNA-Met  91.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0038  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000191641  normal  0.867329 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0026  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000815309  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0037  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000756856  normal  0.859731 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1185  hypothetical protein  93.1 
 
 		 1431 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.153905 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0033  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.219482 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t35  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0031  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>