More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0093 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0055  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2792  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000935283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2795  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000169803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2478  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00948036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2481  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000303707  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3199t  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.976924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3203t  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3201t  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3204t  tRNA-Met  95.77 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0033  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0177  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.202779  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0053  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-3  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.390156  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1982  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2752  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0753  tRNA-Met  94.52 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0540995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0044  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>