172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tGly02 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  97.14 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  95.71 
 
 		 76 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  95.16 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0056  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0006  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0036  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0117844 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0037  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.434121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0033  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.688616  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0023  tRNA-Gly  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.506131  normal  0.313927 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly01  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.682857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t009  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t011  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t041  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0024  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.109226  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0025  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103497  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0026  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.245105  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0027  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.241755  hitchhiker  0.0000336361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0082  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000108205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0070  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0206206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0091  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000341409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  83.87 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0061  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0069  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000532725  normal  0.462628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0119  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0120  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0581701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0121  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0591922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0122  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0586891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t03  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0015  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000023948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0016  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000912606  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0017  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000953309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0018  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000103961  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0047  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000233996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0059  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000375389  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0059  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000852729  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0122  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000463735  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0123  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000452322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0124  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0125  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0024  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0701106  hitchhiker  0.000966251 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0025  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0691612  hitchhiker  0.000941465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0088  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0091  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0095  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02271  normal  0.395176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0095  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000455867  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0098  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00206816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>