298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0040 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0013  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0023  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881928  decreased coverage  0.000601016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0045  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0001  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0023  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0011  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.15715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0013  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.155997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0056  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666652  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0067  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000341896  normal  0.918683 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0134  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0008041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0167  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0691612  hitchhiker  0.000941465 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0916617  normal  0.186435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0497879  normal  0.186435 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0135  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000718101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0123  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000452322  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.425425  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t009  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t010  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t011  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t033  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0109  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0415869  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0124  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000481444  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0056  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0679711  normal  0.120667 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0136  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0192774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0171  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.711863  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0133  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00249536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0132  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00218225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.20749  normal  0.181442 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0817849  normal  0.184759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0502533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000213337  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0701106  hitchhiker  0.000966251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000463735  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0111  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0112  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00598062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0113  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0113631  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02271  normal  0.395176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0166  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0170  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.925089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.203566 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0169  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.109226  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103497  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.245105  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.241755  hitchhiker  0.0000336361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0082  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000108205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0094  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000370787  hitchhiker  0.00000128608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0082  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000215796  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0096  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000134159  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0130  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172739  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0131  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.170328  normal  0.756339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0132  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162906  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0133  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.264398  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0117  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000453087  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0110  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0760106  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0108  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.038773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0125  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000101194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000852729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000165376  normal  0.0217051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000532725  normal  0.462628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0119  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0120  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0581701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0121  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0591922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0586891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000455867  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0088  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0168  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t03  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000023948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000912606  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000953309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000103961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>