298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0012 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000136534  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000000202158  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0850  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.031083  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0013  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0045  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0909  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0034  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0011  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.15715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0013  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.155997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0001  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0032  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165397  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0042  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.443767  normal  0.830121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0023  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0115  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000481098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0116  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00123496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0117  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000453087  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0027  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.425425  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0124  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0026  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0123  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000452322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0122  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000463735  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t009  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t010  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t011  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t033  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0167  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0168  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0064  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0111  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0112  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00598062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0113  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0113631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0094  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000370787  hitchhiker  0.00000128608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0082  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000215796  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0130  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172739  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0131  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.170328  normal  0.756339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0132  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162906  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0133  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.264398  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0070  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0206206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0091  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000341409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0091  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000165376  normal  0.0217051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0061  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0069  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000532725  normal  0.462628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0119  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0120  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0581701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0024  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0701106  hitchhiker  0.000966251 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0019  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0497879  normal  0.186435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0020  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0916617  normal  0.186435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0021  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0817849  normal  0.184759 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0061  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000824299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0067  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000341896  normal  0.918683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0125  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0025  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0691612  hitchhiker  0.000941465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0042  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000213337  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0057  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.400926  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0107  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0660443  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0108  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.038773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0109  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0415869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>