286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0008 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  95.71 
 
 		 79 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000732945  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1222  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0686417  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0041  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.202401  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0115  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000481098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0116  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00123496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0117  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000453087  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0037  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.434121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0056  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515386  normal  0.717167 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0032  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0085  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>