276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0049 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  95.16 
 
 		 79 bp  99.6  8e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0100  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.682719 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0052  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616527  hitchhiker  0.00092447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>