299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0009 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0019  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0014  tRNA-Gly  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156388  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0001  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0002  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0007  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000134783  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_639  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000240622  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0034  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0053  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0019  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000618512  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0014  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000298802  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0026  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.319297  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1915  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000764546  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0028  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0127265  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0277  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.5301700000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>