More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4560 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  630  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  96.17 
 
 		 313 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  73.16 
 
 		 313 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1082  transcriptional regulator, LysR family  74.12 
 
 		 313 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5665  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 313 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5194  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 313 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4571  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 313 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0360104 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0183  LysR family transcriptional regulator  68.17 
 
 		 333 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  68.17 
 
 		 313 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0274  LysR family transcriptional regulator  67.85 
 
 		 333 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 290 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  228  9e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 330 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 290 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 290 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 300 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.98 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.73 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  36.08 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>