More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2240 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  99.08 
 
 		 325 aa  658    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  663    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  96 
 
 		 324 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 324 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 324 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 324 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  97.44 
 
 		 324 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  91.17 
 
 		 321 aa  599  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  89.87 
 
 		 323 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  89.87 
 
 		 330 aa  587  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  89.87 
 
 		 330 aa  587  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  89.56 
 
 		 323 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  89.56 
 
 		 330 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  89.56 
 
 		 323 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  83.8 
 
 		 329 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  84.86 
 
 		 336 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  82.97 
 
 		 325 aa  548  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 317 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  45.4 
 
 		 317 aa  280  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  46.26 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  46.26 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 311 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 309 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 309 aa  255  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  44.7 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 305 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.52 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  44.56 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  44.14 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  43.38 
 
 		 308 aa  232  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 302 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 304 aa  231  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  38.14 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 322 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 315 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 315 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 300 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 300 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 315 aa  219  6e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2006  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 315 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  212  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3137  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00811136  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5119  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  39.3 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>