42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7356 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2118  twin-arginine translocation pathway signal  70.93 
 
 		 557 aa  674    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7356  ABC transporter, binding protein  100 
 
 		 457 aa  935    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6392  extracellular solute-binding protein family 1  68.61 
 
 		 546 aa  636    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  31.1 
 
 		 484 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.98 
 
 		 486 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 		 447 aa  70.9  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  23.85 
 
 		 573 aa  60.5  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.11 
 
 		 590 aa  57  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.32 
 
 		 590 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  25.84 
 
 		 574 aa  55.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  24.25 
 
 		 435 aa  53.9  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0900  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 450 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0889  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 450 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0883  twin-arginine translocation pathway signal  26.15 
 
 		 450 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767617  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  21.32 
 
 		 484 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 579 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 579 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 580 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  21.22 
 
 		 610 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.78 
 
 		 326 aa  49.7  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  22.34 
 
 		 579 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  20.47 
 
 		 433 aa  48.9  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 579 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 439 aa  48.9  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.6 
 
 		 569 aa  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  22.15 
 
 		 580 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  20.5 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 574 aa  47.4  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  22.98 
 
 		 437 aa  47.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  21.73 
 
 		 579 aa  47  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  20.83 
 
 		 574 aa  46.6  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  21.84 
 
 		 569 aa  46.6  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  20.39 
 
 		 573 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 435 aa  45.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 593 aa  44.3  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 443 aa  43.5  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 435 aa  43.5  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 434 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 579 aa  43.1  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 588 aa  43.1  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>