169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0004 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.479473  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.906766  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.728933 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14044  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0590766  normal  0.664397 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0006  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0013  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0012  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.77 
 
 		 126 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03580  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.731888  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000116718  hitchhiker  6.42112e-17 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0064  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26110  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 95 bp  48.1  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>