More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5111 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5111  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 318 aa  628  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.030161  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  69.18 
 
 		 323 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  70.16 
 
 		 327 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  68.12 
 
 		 323 aa  402  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  67.81 
 
 		 323 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  62.93 
 
 		 327 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  68.22 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4690  methionyl-tRNA formyltransferase  69.54 
 
 		 329 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  62.31 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  65.73 
 
 		 323 aa  381  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  63.95 
 
 		 327 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  65.69 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  64.26 
 
 		 327 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  63.95 
 
 		 328 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4081  methionyl-tRNA formyltransferase  63.91 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  64.17 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  63.84 
 
 		 327 aa  363  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 327 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 327 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  62.89 
 
 		 327 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  62.89 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  62.89 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  61.61 
 
 		 331 aa  358  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  62.5 
 
 		 330 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  62.5 
 
 		 330 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  63.21 
 
 		 327 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  62.5 
 
 		 330 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  62.89 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  64.71 
 
 		 322 aa  353  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  60.75 
 
 		 344 aa  352  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0129  methionyl-tRNA formyltransferase  62.58 
 
 		 328 aa  346  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  59.31 
 
 		 320 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  56.51 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2078  methionyl-tRNA formyltransferase  55.62 
 
 		 332 aa  312  5.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1777  methionyl-tRNA formyltransferase  54.34 
 
 		 332 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  50.78 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  58.54 
 
 		 309 aa  294  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  53.29 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  48.04 
 
 		 332 aa  287  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  50.78 
 
 		 311 aa  285  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 		 314 aa  285  8e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  51.08 
 
 		 322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  48.76 
 
 		 318 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  51.95 
 
 		 319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  49.52 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  48.76 
 
 		 318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  48.76 
 
 		 318 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  52.37 
 
 		 312 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  51.47 
 
 		 310 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  51.47 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  48.14 
 
 		 318 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  50.62 
 
 		 314 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  51.47 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  47.63 
 
 		 348 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  48.45 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  49.69 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  47.98 
 
 		 312 aa  279  6e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  48.74 
 
 		 308 aa  278  7e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  53.02 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  47.37 
 
 		 318 aa  277  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 		 314 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  47.37 
 
 		 318 aa  276  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  51.79 
 
 		 310 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  46.93 
 
 		 321 aa  275  5e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  52.78 
 
 		 325 aa  275  5e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  47.37 
 
 		 318 aa  275  8e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  46.75 
 
 		 318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  51.15 
 
 		 310 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  46.39 
 
 		 312 aa  271  8.000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  50.79 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  51.72 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  51.63 
 
 		 325 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  46.04 
 
 		 363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  47.91 
 
 		 318 aa  269  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  49.36 
 
 		 311 aa  267  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  47.27 
 
 		 319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  51.78 
 
 		 299 aa  265  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 302 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  46.91 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  48.7 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 314 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  50.64 
 
 		 302 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  46.28 
 
 		 315 aa  262  4.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  47.27 
 
 		 320 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  46.71 
 
 		 314 aa  262  6.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  46.6 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  45.17 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  48.53 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  45.17 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  52.1 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  46.39 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  45.9 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  44.86 
 
 		 311 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  46.71 
 
 		 329 aa  259  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  46.71 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>