31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3840 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3840  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 
1093 aa  1986  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0668693 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1726  hemolysin-type calcium-binding region  33.25 
 
 
1144 aa  144  8e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.57086  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3963  hypothetical protein  31.33 
 
 
1083 aa  107  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1716  hemolysin-type calcium-binding region  38.95 
 
 
929 aa  96.7  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.852019  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0481  surface array protein  29.2 
 
 
921 aa  76.6  2e-12  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.18804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0484  hypothetical protein  27.75 
 
 
939 aa  72.8  4e-11  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0960554  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0037  hemolysin-type calcium-binding region  36.67 
 
 
830 aa  55.1  7e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.475959  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  32.26 
 
 
4285 aa  54.7  9e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  34.88 
 
 
424 aa  54.7  9e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0461  surface layer protein SapB9  26.5 
 
 
941 aa  53.1  2e-05  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1944  hypothetical protein  39.82 
 
 
621 aa  53.9  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.69459  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1450  hemolysin-type calcium-binding region  45.33 
 
 
917 aa  52.4  4e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0841616  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4070  hemolysin-type calcium-binding region  42.11 
 
 
385 aa  51.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  32.1 
 
 
1883 aa  50.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  41.57 
 
 
1019 aa  48.1  0.0009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  46.15 
 
 
1055 aa  47  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  40 
 
 
1884 aa  47  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3277  hemolysin-type calcium-binding region  37.5 
 
 
371 aa  46.6  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.477972 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  32.05 
 
 
1610 aa  47  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1717  Hemolysin-type calcium-binding region  34.53 
 
 
329 aa  46.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1741  Hemolysin-type calcium-binding region  34.53 
 
 
329 aa  46.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003407  putative calcium-binding outer membrane-like protein  39.33 
 
 
2042 aa  46.6  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1806  hemolysin-type calcium-binding region  39.19 
 
 
3184 aa  46.6  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387385 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  44.58 
 
 
4334 aa  46.2  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4655  hemolysin-type calcium-binding region  49.06 
 
 
375 aa  45.8  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  46.48 
 
 
5171 aa  45.8  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  6.11986e-08 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6876  Hemolysin-type calcium-binding region  39.56 
 
 
547 aa  45.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5060  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  50 
 
 
5962 aa  45.1  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.943676 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  40.23 
 
 
417 aa  45.1  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0436  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.19 
 
 
5787 aa  45.1  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  50 
 
 
5218 aa  44.7  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.809343 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>