More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3565 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  100 
 
 
260 aa  540  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  4.96067e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  97.69 
 
 
260 aa  531  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  4.2953e-06  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  97.69 
 
 
260 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.64415e-05  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  96.15 
 
 
260 aa  526  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  95.38 
 
 
260 aa  520  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.37173e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.57421e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.76569e-08  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  8.4878e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.21721e-05  unclonable  5.28037e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.71764e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  516  1e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  94.62 
 
 
260 aa  515  1e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.78614e-07  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  516  1e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  95 
 
 
260 aa  516  1e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.72651e-05  hitchhiker  5.21404e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  93.08 
 
 
260 aa  511  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  92.31 
 
 
260 aa  508  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.92621e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  54.05 
 
 
253 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  50.39 
 
 
250 aa  269  3e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  51.55 
 
 
249 aa  262  5e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  51.16 
 
 
253 aa  261  7e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  53.06 
 
 
255 aa  258  9e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  48.83 
 
 
251 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  50 
 
 
249 aa  254  1e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  50 
 
 
272 aa  252  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  8.34169e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
255 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
255 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
255 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
255 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
255 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
250 aa  251  8e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03804  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  48.64 
 
 
253 aa  250  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  2.44559e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5374  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4453  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
255 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 
251 aa  248  9e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 
255 aa  247  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  48.44 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  48.44 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  48.44 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  48.19 
 
 
255 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  49 
 
 
251 aa  245  4e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  47.66 
 
 
250 aa  245  5e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2838  triosephosphate isomerase  46.03 
 
 
249 aa  244  1e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 
256 aa  244  1e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 
251 aa  244  1e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  45.17 
 
 
255 aa  243  2e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 
251 aa  243  2e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 
255 aa  243  2e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 
250 aa  243  2e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2707  triosephosphate isomerase  45.24 
 
 
249 aa  242  4e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  46.59 
 
 
255 aa  242  4e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  46.12 
 
 
251 aa  241  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  47.45 
 
 
249 aa  241  8e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  46.51 
 
 
251 aa  241  8e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  47.58 
 
 
255 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  46.83 
 
 
255 aa  241  1e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  46.83 
 
 
271 aa  240  2e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 
255 aa  239  3e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 
255 aa  239  3e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  45.7 
 
 
250 aa  239  3e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 
255 aa  239  3e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  46.48 
 
 
251 aa  238  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 
251 aa  238  6e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  44.36 
 
 
256 aa  236  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  8.20066e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  50.98 
 
 
248 aa  237  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0169  triosephosphate isomerase  44.62 
 
 
256 aa  236  3e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  48.66 
 
 
246 aa  235  5e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  45.1 
 
 
249 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3448  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
256 aa  231  8e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  47.04 
 
 
249 aa  231  9e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  48.59 
 
 
255 aa  230  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  47.04 
 
 
249 aa  229  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  48.36 
 
 
251 aa  228  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  48.36 
 
 
251 aa  228  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2538  triosephosphate isomerase  46.51 
 
 
260 aa  226  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00272657  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  46.48 
 
 
252 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  47.62 
 
 
249 aa  226  2e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0283  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 
256 aa  226  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
249 aa  225  6e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01687  triosephosphate isomerase  47.54 
 
 
232 aa  225  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000150844  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3096  Triose-phosphate isomerase  46.27 
 
 
263 aa  224  9e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.119937  normal  0.0717859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1491  triosephosphate isomerase  46.22 
 
 
247 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020715  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1405  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  44.88 
 
 
650 aa  221  8e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00167236  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 
248 aa  221  1e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.17 
 
 
255 aa  220  2e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  43.41 
 
 
254 aa  220  2e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  44.66 
 
 
248 aa  219  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  45.7 
 
 
250 aa  219  4e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  43.36 
 
 
246 aa  219  4e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2243  triosephosphate isomerase  45.31 
 
 
265 aa  219  4e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1991  triosephosphate isomerase  44.57 
 
 
260 aa  219  5e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.262032  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3078  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 
249 aa  218  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.417746  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  44.27 
 
 
248 aa  218  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15890  triosephosphate isomerase  43.8 
 
 
261 aa  218  8e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388365  normal  0.839835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>