95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0027 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  100 
 
 
175 aa  368  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0025  protoporphyrinogen oxidase  83.43 
 
 
175 aa  321  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00857411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  78.29 
 
 
175 aa  300  9e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  76 
 
 
175 aa  290  6e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.62535e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  71.1 
 
 
174 aa  274  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  71.1 
 
 
174 aa  273  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  1.79508e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  70.52 
 
 
174 aa  271  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  70.52 
 
 
174 aa  271  4e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  69.77 
 
 
174 aa  268  3e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  69.77 
 
 
174 aa  266  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.80551e-05  hitchhiker  1.45429e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  69.77 
 
 
174 aa  265  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.30188e-08  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  69.77 
 
 
174 aa  265  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  6.64462e-06  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  70.76 
 
 
174 aa  264  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0036  protoporphyrinogen oxidase  64.57 
 
 
177 aa  247  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  62.86 
 
 
176 aa  245  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  61.71 
 
 
175 aa  235  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  57.47 
 
 
175 aa  215  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  56.32 
 
 
176 aa  214  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0141  Protoporphyrinogen oxidase  53.94 
 
 
173 aa  200  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0793  protoporphyrinogen oxidase  52.33 
 
 
173 aa  196  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  52.91 
 
 
175 aa  195  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0813  protoporphyrinogen oxidase  53.45 
 
 
173 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  52.63 
 
 
173 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0973  protoporphyrinogen oxidase  52.05 
 
 
173 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.705197  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  51.18 
 
 
173 aa  184  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  51.18 
 
 
173 aa  184  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  52.63 
 
 
173 aa  184  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  50.57 
 
 
175 aa  184  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  50.59 
 
 
173 aa  183  1e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  49.14 
 
 
173 aa  181  4e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  48.57 
 
 
173 aa  181  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  47.65 
 
 
178 aa  176  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09631  putative protoporphyrinogen oxidase  48.55 
 
 
178 aa  176  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3400  protoporphyrinogen oxidase  49.41 
 
 
173 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0673  protoporphyrinogen oxidase  47.13 
 
 
177 aa  176  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4230  protoporphyrinogen oxidase  45.29 
 
 
179 aa  164  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0023265  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3720  hypothetical protein  55.65 
 
 
141 aa  163  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3743  protoporphyrinogen oxidase  46.24 
 
 
179 aa  163  1e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  5.14113e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  45.03 
 
 
180 aa  162  2e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0266  protoporphyrinogen oxidase  46.47 
 
 
177 aa  161  5e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0106275  normal  0.013044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3897  protoporphyrinogen oxidase  45.35 
 
 
179 aa  160  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0092686  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  48.8 
 
 
170 aa  159  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  8.38772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4040  protoporphyrinogen oxidase  44.12 
 
 
179 aa  159  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00450028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0025  protoporphyrinogen oxidase  41.18 
 
 
177 aa  158  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109828  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2537  protoporphyrinogen oxidase  47.95 
 
 
174 aa  157  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  5.81009e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 
179 aa  155  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  43.79 
 
 
177 aa  155  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  3.39774e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  43.79 
 
 
177 aa  155  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.7226e-07  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  43.79 
 
 
177 aa  155  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.32863e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4320  protoporphyrinogen oxidase  41.52 
 
 
181 aa  153  9e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  3.64139e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.33684e-07  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.41436e-05  normal  0.0811334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  1.31743e-05  decreased coverage  2.39257e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4369  protoporphyrinogen oxidase  41.76 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.43735e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.11087e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  152  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.48526e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
179 aa  151  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0198  protoporphyrinogen oxidase  43.53 
 
 
173 aa  150  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 
184 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 
184 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 
184 aa  149  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.5966e-05  hitchhiker  9.9426e-07 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4266  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000166727  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4313  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  3.09624e-05  normal  0.107941 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4373  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  9.03845e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4217  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.39833e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4194  protoporphyrinogen oxidase  42.51 
 
 
181 aa  148  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  2.19448e-06  normal  0.630031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  41.67 
 
 
183 aa  147  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  39.53 
 
 
179 aa  147  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  41.52 
 
 
184 aa  146  1e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 
184 aa  146  1e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00463  protoporphyrinogen oxidase  44.07 
 
 
175 aa  146  1e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0019  protoporphyrinogen oxidase  38.46 
 
 
181 aa  147  1e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827877  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001985  protoporphyrinogen IX oxidase oxygen-independent HemG  44.07 
 
 
175 aa  145  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  3.84734e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 
183 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 
183 aa  144  4e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 
183 aa  144  4e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.81014e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 
183 aa  144  7e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2977  protoporphyrinogen oxidase  39.41 
 
 
174 aa  137  9e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4324  protoporphyrinogen oxidase  32.57 
 
 
190 aa  110  1e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3336  protoporphyrinogen oxidase  31.21 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3403  flavodoxin/nitric oxide synthase  28 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.200863  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  28.57 
 
 
188 aa  94.7  6e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4255  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.41 
 
 
197 aa  92  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  29.31 
 
 
174 aa  88.2  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  27.81 
 
 
172 aa  60.1  2e-08  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  24.86 
 
 
168 aa  55.8  3e-07  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0852  protoporphyrinogen oxidase  20 
 
 
173 aa  54.3  9e-07  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0227417  normal  0.141132 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  22.54 
 
 
160 aa  50.1  1e-05  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4171  flavodoxin-like protein  22.02 
 
 
216 aa  48.1  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  25.71 
 
 
215 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  23.66 
 
 
175 aa  44.3  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2562  Flavodoxin-like protein  20 
 
 
179 aa  43.5  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3662  hypothetical protein  20.98 
 
 
140 aa  42.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.35074  normal  0.580287 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>