More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1852 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2183  iron-containing alcohol dehydrogenase  86.24 
 
 
356 aa  659  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  9.01085e-05  normal  0.0100031 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2423  iron-containing alcohol dehydrogenase  85.39 
 
 
356 aa  647  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.195896  decreased coverage  1.37469e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2477  iron-containing alcohol dehydrogenase  94.94 
 
 
356 aa  709  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.71565e-07  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2362  iron-containing alcohol dehydrogenase  95.51 
 
 
356 aa  713  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.29628e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1852  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
356 aa  743  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  3.18302e-06  hitchhiker  1.2761e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2477  alcohol dehydrogenase, iron-containing  98.03 
 
 
356 aa  731  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1985  iron-containing alcohol dehydrogenase  94.94 
 
 
356 aa  709  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.40423e-06  unclonable  3.40211e-12 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1857  iron-containing alcohol dehydrogenase  87.64 
 
 
356 aa  667  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.04818e-05  unclonable  2.58476e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1907  iron-containing alcohol dehydrogenase  98.6 
 
 
356 aa  735  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  6.81421e-06  unclonable  9.09138e-11 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2133  iron-containing alcohol dehydrogenase  84.83 
 
 
356 aa  645  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.1113e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2374  iron-containing alcohol dehydrogenase  95.22 
 
 
356 aa  711  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.61423e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2126  iron-containing alcohol dehydrogenase  99.44 
 
 
356 aa  739  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0147626  unclonable  1.87018e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1640  alcohol dehydrogenase, iron-containing  85.67 
 
 
356 aa  652  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000263255  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1760  iron-containing alcohol dehydrogenase  83.99 
 
 
356 aa  640  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0108166  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2140  Iron-containing alcohol dehydrogenase  68.91 
 
 
357 aa  543  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.741299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3202  iron-containing alcohol dehydrogenase  63.56 
 
 
353 aa  491  1e-138  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0804  iron-containing alcohol dehydrogenase  54.42 
 
 
358 aa  405  1e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10583  ethanolamine utilization protein-like protein  53.78 
 
 
614 aa  394  1e-108  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2803  iron-containing alcohol dehydrogenase  53.06 
 
 
365 aa  387  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1890  iron-containing alcohol dehydrogenase  45.94 
 
 
358 aa  335  5e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2631  iron-containing alcohol dehydrogenase  46.5 
 
 
357 aa  324  2e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.703448 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2213  iron-containing alcohol dehydrogenase  41.39 
 
 
359 aa  305  9e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1279  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.1 
 
 
384 aa  143  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00932196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1233  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.87 
 
 
387 aa  114  2e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5965  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.43 
 
 
388 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6952  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.15 
 
 
388 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6293  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.15 
 
 
388 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.488488 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1536  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.15 
 
 
388 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1584  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.08 
 
 
383 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.140068  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0565  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.1 
 
 
389 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.79087 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2430  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.1 
 
 
384 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.528301  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1857  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.71 
 
 
382 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.263837  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1261  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.76 
 
 
381 aa  100  6e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.528177  normal  0.0459015 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2599  ethanolamine utilization protein EutG  26.53 
 
 
395 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1166  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.26 
 
 
382 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.020336  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1986  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.03 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0257  alcohol dehydrogenase, class IV  25.95 
 
 
383 aa  98.6  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3674  ethanolamine utilization protein EutG  26.62 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1217  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.62 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1776  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.39 
 
 
383 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137736  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1053  Iron-containing alcohol dehydrogenase  28.81 
 
 
382 aa  97.1  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489581 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1224  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.28 
 
 
395 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02344  predicted alcohol dehydrogenase in ethanolamine utilization  26.28 
 
 
395 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02306  hypothetical protein  26.28 
 
 
395 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2582  ethanolamine utilization protein EutG  26.28 
 
 
395 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2729  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.16 
 
 
384 aa  96.3  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3267  alcetaldehyde dehydrogenase or NADPH-dependent butanol dehydrogenase  25.82 
 
 
369 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2279  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.05 
 
 
374 aa  95.1  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2730  ethanolamine utilization protein EutG  26.62 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2721  ethanolamine utilization protein EutG  26.69 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.295885 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2654  ethanolamine utilization protein EutG  26.69 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0517138  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2695  ethanolamine utilization protein EutG  26.69 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2828  ethanolamine utilization protein EutG  26.69 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2606  ethanolamine utilization protein EutG  26.69 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2389  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.84 
 
 
382 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00204044  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2836  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.21 
 
 
380 aa  94  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4348  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.78 
 
 
385 aa  94  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.159902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.4 
 
 
397 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0115621 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1628  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.78 
 
 
398 aa  93.2  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.197511  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5260  alcohol dehydrogenase  25.55 
 
 
399 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.926776 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0647  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.83 
 
 
378 aa  92  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2803  1,3-propanediol dehydrogenase  28.51 
 
 
394 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2234  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.34 
 
 
382 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.10038 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3325  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.07 
 
 
380 aa  92  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.961495  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4061  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.49 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2077  Iron-containing alcohol dehydrogenase  27 
 
 
385 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0974208  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4103  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.67 
 
 
371 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2819  ethanolamine utilization protein EutG  25.94 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4943  putative iron-containing alcohol dehydrogenase  28.96 
 
 
385 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375402  normal  0.972058 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3517  alcohol dehydrogenase  29.11 
 
 
385 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.304175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3412  alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
385 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.117335 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4573  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.5 
 
 
385 aa  90.5  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.414797  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5121  Iron-containing alcohol dehydrogenase  25.96 
 
 
382 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493266  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4360  alcohol dehydrogenase  29.11 
 
 
385 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.322579  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1990  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.23 
 
 
390 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.352675  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4006  alcohol dehydrogenase  29.11 
 
 
385 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3982  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.46 
 
 
368 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3919  alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
385 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0768529  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4429  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.34 
 
 
389 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240363  normal  0.58487 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4319  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.34 
 
 
389 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0740  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.14 
 
 
395 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1164  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.41 
 
 
379 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.144236  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1719  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.23 
 
 
390 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.614663 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1632  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.57 
 
 
383 aa  88.6  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2334  alcohol dehydrogenase, iron-containing  26.58 
 
 
400 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0717342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4422  alcohol dehydrogenase  28.65 
 
 
388 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0172  alcohol dehydrogenase  28.65 
 
 
388 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1609  alcohol dehydrogenase  28.29 
 
 
382 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1258  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.05 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6426  Iron-containing alcohol dehydrogenase  31.88 
 
 
376 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2222  propanol dehydrogenase  27.31 
 
 
370 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.806517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3465  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
377 aa  87  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.117346  normal  0.139258 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1369  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.27 
 
 
368 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0521  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.95 
 
 
383 aa  87  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  1.18982e-06 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1734  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
373 aa  87  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2180  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.55 
 
 
405 aa  87  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2388  propanediol utilization: propanol dehydrogenase  27.84 
 
 
370 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1418  Iron-containing alcohol dehydrogenase  27.91 
 
 
382 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.909336  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0567  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.28 
 
 
383 aa  87  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1643  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.41 
 
 
382 aa  86.7  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.768849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>