More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0031 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  99.7 
 
 
338 aa  687  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
338 aa  689  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  94.08 
 
 
338 aa  653  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  99.41 
 
 
338 aa  686  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.15281e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  88.46 
 
 
340 aa  624  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  86.69 
 
 
338 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  86.69 
 
 
338 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24726e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  86.39 
 
 
338 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  86.39 
 
 
338 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  70.21 
 
 
368 aa  495  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  68.34 
 
 
362 aa  484  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  67.75 
 
 
338 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 
331 aa  461  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  65.49 
 
 
339 aa  439  1e-122  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  66.96 
 
 
339 aa  434  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  64.5 
 
 
338 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  49.84 
 
 
361 aa  285  6e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  50.16 
 
 
361 aa  285  8e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.6 
 
 
369 aa  282  6e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  48.37 
 
 
369 aa  279  6e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  41.12 
 
 
352 aa  275  7e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  47.73 
 
 
369 aa  273  4e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  47.65 
 
 
308 aa  270  2e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  46.98 
 
 
296 aa  264  2e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  46.3 
 
 
373 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  45.19 
 
 
369 aa  261  8e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  49.82 
 
 
336 aa  258  8e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  47.91 
 
 
371 aa  258  8e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.99 
 
 
368 aa  257  2e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  46.38 
 
 
373 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  46.38 
 
 
373 aa  256  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  44.55 
 
 
377 aa  254  2e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  44.2 
 
 
372 aa  253  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  45.93 
 
 
374 aa  253  4e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  46.62 
 
 
373 aa  252  5e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  45.51 
 
 
379 aa  252  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  44.55 
 
 
383 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  45.6 
 
 
374 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  45.6 
 
 
374 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  45.6 
 
 
374 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  44.27 
 
 
374 aa  250  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  42.01 
 
 
377 aa  248  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  43.93 
 
 
388 aa  247  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  44.09 
 
 
374 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  44.95 
 
 
374 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
374 aa  246  4e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
374 aa  246  5e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 
379 aa  245  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  45.85 
 
 
374 aa  245  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.49 
 
 
399 aa  245  1e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  44.93 
 
 
377 aa  245  1e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 
374 aa  244  1e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
374 aa  244  2e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  44.9 
 
 
374 aa  244  2e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  44.9 
 
 
374 aa  244  2e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
374 aa  244  2e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
374 aa  244  2e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  44.04 
 
 
320 aa  243  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  45.54 
 
 
375 aa  242  6e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  44.16 
 
 
364 aa  242  7e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  43.71 
 
 
389 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  43.07 
 
 
422 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  47.52 
 
 
368 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  47.7 
 
 
365 aa  239  7e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  47.7 
 
 
365 aa  239  7e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  43.71 
 
 
381 aa  239  7e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  47.19 
 
 
362 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  43.71 
 
 
381 aa  237  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  42.57 
 
 
448 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 
373 aa  237  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  43.77 
 
 
365 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  46.3 
 
 
384 aa  236  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.69 
 
 
377 aa  234  1e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  45.12 
 
 
366 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.11984e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  46.64 
 
 
365 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  2.26151e-06 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  43.77 
 
 
379 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
434 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  44.9 
 
 
358 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  47.93 
 
 
394 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
434 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  44.92 
 
 
399 aa  230  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  42.17 
 
 
422 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  46.39 
 
 
365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  6.67659e-15 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  45.7 
 
 
365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  41.87 
 
 
422 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  45.7 
 
 
365 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  5.61308e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.22 
 
 
366 aa  226  5e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  45.33 
 
 
362 aa  226  5e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  42.47 
 
 
371 aa  226  5e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  44.17 
 
 
396 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  44.17 
 
 
396 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  41.57 
 
 
475 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  45.37 
 
 
434 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
434 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 
434 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  45.22 
 
 
368 aa  224  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  40.51 
 
 
370 aa  223  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.6133e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  43.16 
 
 
356 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  41.27 
 
 
475 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  42.51 
 
 
361 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  6.96536e-09 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>