More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1302 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1452  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  70.54 
 
 
528 aa  771  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  1.41499e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2641  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  93.05 
 
 
518 aa  998  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.51887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0365  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
530 aa  780  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1435  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  77.1 
 
 
541 aa  836  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.98443e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0327  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.11 
 
 
532 aa  698  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.96917e-08 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1505  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  68.16 
 
 
524 aa  744  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781971  unclonable  5.06966e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2993  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  94.02 
 
 
518 aa  1002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.335828  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.21 
 
 
522 aa  791  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0645445  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2828  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  68.41 
 
 
526 aa  737  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01602  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  77.5 
 
 
528 aa  840  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0785  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.21454e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0761  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0041514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3118  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 
518 aa  991  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.358034  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  795  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286336  hitchhiker  0.000221787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1318  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  91.7 
 
 
518 aa  981  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0277706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1230  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.39 
 
 
522 aa  806  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.531516  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1302  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 
518 aa  1055  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  6.43415e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2868  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0256  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit I  64.67 
 
 
521 aa  705  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.01407e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1239  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 
518 aa  995  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0361828  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1310  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 
518 aa  996  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0091188  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1142  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  88.8 
 
 
518 aa  955  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2877  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  67.83 
 
 
525 aa  733  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2817  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.41 
 
 
526 aa  735  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 
518 aa  996  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2349  cytochrome bd-I oxidase subunit I  92.86 
 
 
518 aa  994  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00263445  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0720  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  74.32 
 
 
526 aa  789  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0148  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.524931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1441  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.778663  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2979  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  94.21 
 
 
518 aa  1004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.59301e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0545  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214152  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0561  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3137  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  94.21 
 
 
518 aa  1004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0660944  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2397  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.31 
 
 
528 aa  651  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174405  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0484  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  67.5 
 
 
526 aa  729  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1890  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  77.82 
 
 
529 aa  846  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0835  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0025291  normal  0.492796 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6534  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.63 
 
 
526 aa  647  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1384  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  94.02 
 
 
518 aa  1002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.362762  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1560  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.08 
 
 
529 aa  635  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0517929  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19890  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.6 
 
 
537 aa  834  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.63 
 
 
526 aa  647  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0261371  normal  0.512967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1148  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.21 
 
 
522 aa  794  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00681  hypothetical protein  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.159246  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2910  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.02 
 
 
521 aa  783  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.21 
 
 
522 aa  794  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.476445  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2738  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.23 
 
 
525 aa  777  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1535  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.62 
 
 
525 aa  776  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.131601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3095  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.41 
 
 
522 aa  790  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0836  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  790  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.664102  normal  0.640825 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0776  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  790  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00128366  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03804  putative cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  67.8 
 
 
526 aa  715  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1388  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  72.21 
 
 
522 aa  791  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1360  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.08 
 
 
529 aa  635  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.182452  normal  0.201851 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2964  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.21 
 
 
522 aa  791  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2923  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.672765  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0755  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0332587  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1565  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  95.17 
 
 
518 aa  997  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576411  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2735  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  67.83 
 
 
525 aa  736  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.105689  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0299  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.18 
 
 
529 aa  706  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0654  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624409  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0568  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  68.47 
 
 
530 aa  736  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0497351 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2712  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.45 
 
 
527 aa  655  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00013587  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0803  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  790  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0327801  normal  0.446057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0867  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  790  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.608673  normal  0.0630477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0898  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  790  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.346957  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003921  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  78.67 
 
 
528 aa  852  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  9.34813e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2203  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.41 
 
 
526 aa  735  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.48101  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2362  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.02 
 
 
524 aa  677  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.549668  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6147  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.02 
 
 
526 aa  735  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413393  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  71.84 
 
 
528 aa  791  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0888533  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1105  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  67.96 
 
 
525 aa  743  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1908  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.67 
 
 
535 aa  741  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522276  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0929  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  67.96 
 
 
524 aa  726  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00513286  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2903  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00339201  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0454  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.15 
 
 
531 aa  724  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3286  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 
518 aa  990  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1210  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.63 
 
 
510 aa  667  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00692  cytochrome d terminal oxidase, subunit I  72.6 
 
 
522 aa  789  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.117055  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0729  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163663  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1204  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.63 
 
 
510 aa  667  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1274  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  85.3 
 
 
521 aa  921  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.1303e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.92 
 
 
531 aa  731  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4148  putative cytochrome bd ubiquinol oxidase,subunit I  68.67 
 
 
535 aa  741  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3367  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.2 
 
 
534 aa  634  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1214  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.13 
 
 
514 aa  625  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1305  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.08 
 
 
529 aa  625  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.803573  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1093  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.13 
 
 
514 aa  624  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.209075  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2337  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  58.93 
 
 
514 aa  623  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2139  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.13 
 
 
514 aa  624  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2618  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.73 
 
 
514 aa  621  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990367 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00988  hypothetical protein  58.73 
 
 
514 aa  621  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.660273  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1934  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  57.57 
 
 
514 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1086  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  58.73 
 
 
514 aa  621  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2666  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.73 
 
 
514 aa  621  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.660733  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00981  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  58.73 
 
 
514 aa  621  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.824239  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3541  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.05 
 
 
525 aa  615  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.259906  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1990  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  57.57 
 
 
514 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1930  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  57.57 
 
 
514 aa  618  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1342  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  57.57 
 
 
514 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>