More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2362 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00692  cytochrome d terminal oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.117055  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2903  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00339201  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1230  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.42 
 
 		 522 aa  644    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.531516  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.69 
 
 		 522 aa  652    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.476445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0785  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000321454  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1890  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.55 
 
 		 529 aa  659    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1105  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  62.84 
 
 		 525 aa  671    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0568  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.1 
 
 		 530 aa  684    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0497351 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2964  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.3 
 
 		 522 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  60.51 
 
 		 528 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0888533  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1384  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.43 
 
 		 518 aa  669    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.362762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3137  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.43 
 
 		 518 aa  669    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0660944  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3286  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2828  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.18 
 
 		 526 aa  684    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0835  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0025291  normal  0.492796 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03804  putative cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  60.76 
 
 		 526 aa  644    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2993  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.43 
 
 		 518 aa  669    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.335828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1148  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.71 
 
 		 522 aa  640    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2735  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  63.18 
 
 		 525 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.105689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2868  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2641  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.4 
 
 		 518 aa  674    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000351887  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0761  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0041514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.91 
 
 		 522 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286336  hitchhiker  0.000221787 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1565  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.24 
 
 		 518 aa  651    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0729  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163663  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1435  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.23 
 
 		 541 aa  647    Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000298443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2738  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.12 
 
 		 525 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0561  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6147  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.67 
 
 		 526 aa  687    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0148  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.524931  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0654  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624409  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0776  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.34 
 
 		 522 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00128366  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0867  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  59.34 
 
 		 522 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.608673  normal  0.0630477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0803  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  59.34 
 
 		 522 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0327801  normal  0.446057 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1388  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  59.3 
 
 		 522 aa  645    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003921  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  59.04 
 
 		 528 aa  645    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000934813  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0898  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  59.34 
 
 		 522 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.346957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0365  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.3 
 
 		 530 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0454  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  62.79 
 
 		 531 aa  687    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0929  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.5 
 
 		 524 aa  639    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00513286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1318  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  674    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0277706  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2362  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 		 524 aa  1061    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.549668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19890  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  66.03 
 
 		 537 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3118  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.66 
 
 		 518 aa  656    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.358034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00681  hypothetical protein  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.159246  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1908  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.99 
 
 		 535 aa  676    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522276  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4148  putative cytochrome bd ubiquinol oxidase,subunit I  60.99 
 
 		 535 aa  676    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1274  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 521 aa  647    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000011303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1441  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.778663  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0836  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.34 
 
 		 522 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.664102  normal  0.640825 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1535  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.12 
 
 		 525 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.131601  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1302  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.02 
 
 		 518 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000643415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2979  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.43 
 
 		 518 aa  669    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000559301  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2203  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 526 aa  686    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.48101  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3095  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.88 
 
 		 522 aa  648    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1452  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.66 
 
 		 528 aa  653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000141499  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1239  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  670    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0361828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0327  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  72.17 
 
 		 532 aa  798    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000196917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1310  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  671    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0091188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1142  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.94 
 
 		 518 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2877  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.18 
 
 		 525 aa  687    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0299  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.57 
 
 		 529 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0755  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0332587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2923  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.96 
 
 		 522 aa  649    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.672765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01602  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.42 
 
 		 528 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2817  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 526 aa  686    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2910  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.71 
 
 		 521 aa  636    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0545  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.37 
 
 		 531 aa  692    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1505  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.69 
 
 		 524 aa  670    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781971  unclonable  0.00000000000506966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0484  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.34 
 
 		 526 aa  690    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2349  cytochrome bd-I oxidase subunit I  61.82 
 
 		 518 aa  669    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00263445  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.3 
 
 		 522 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0645445  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2397  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.62 
 
 		 528 aa  629  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0720  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  60.43 
 
 		 526 aa  630  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1204  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  58.13 
 
 		 510 aa  622  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1210  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  58.33 
 
 		 510 aa  621  1e-176  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2712  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.08 
 
 		 527 aa  619  1e-176  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00013587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0510  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.44 
 
 		 525 aa  609  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1560  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.89 
 
 		 529 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0517929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3541  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.05 
 
 		 525 aa  606  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.259906  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1360  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.89 
 
 		 529 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.182452  normal  0.201851 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0444  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  59.24 
 
 		 525 aa  606  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.833779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0634  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.44 
 
 		 526 aa  602  1.0000000000000001e-171  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.361821  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6534  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.44 
 
 		 526 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0256  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit I  57.58 
 
 		 521 aa  603  1.0000000000000001e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000101407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3367  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.85 
 
 		 534 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3736  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.76 
 
 		 528 aa  595  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.649521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.64 
 
 		 526 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0261371  normal  0.512967 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1305  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  58.7 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.803573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0974  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  55.71 
 
 		 521 aa  584  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1082  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  55.51 
 
 		 521 aa  582  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.410176  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2337  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  52.79 
 
 		 514 aa  546  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0955  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  51.04 
 
 		 542 aa  545  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.740472  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2139  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  52.59 
 
 		 514 aa  545  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1070  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  51.04 
 
 		 544 aa  545  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00981  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  52.59 
 
 		 514 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.824239  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2618  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  52.59 
 
 		 514 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990367 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00988  hypothetical protein  52.59 
 
 		 514 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.660273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>