37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0106 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  100 
 
 		 393 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  35.39 
 
 		 409 aa  203  5e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  33.45 
 
 		 462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  26.96 
 
 		 416 aa  109  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  27.41 
 
 		 438 aa  102  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.94 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  28.31 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  31.32 
 
 		 344 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.63 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.38 
 
 		 400 aa  69.7  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  26.34 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  26.47 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  26.47 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.6 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  27.62 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.27 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  29.89 
 
 		 377 aa  62.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  26.4 
 
 		 337 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  27.93 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  27.93 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.62 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.37 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  27.47 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  28.89 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  36.36 
 
 		 559 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  33.91 
 
 		 1557 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  24.37 
 
 		 367 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  33.91 
 
 		 1389 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6493  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  30.48 
 
 		 507 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.255427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  24.75 
 
 		 349 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0174  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  27.59 
 
 		 529 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.85378  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0460  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  27.59 
 
 		 524 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.919355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  33.72 
 
 		 1111 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2645  putative DNA primase, DNA transfer TraO- like protein  28.68 
 
 		 495 aa  46.6  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  23.26 
 
 		 745 aa  43.9  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  24.72 
 
 		 668 aa  42.7  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  22.09 
 
 		 776 aa  43.1  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>