36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0785 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  100 
 
 		 321 aa  644    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  43.09 
 
 		 349 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  42.99 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  42.99 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  43.4 
 
 		 351 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  43.18 
 
 		 349 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  40.45 
 
 		 344 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  40.45 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  40.13 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  41.78 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  40.74 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  41.72 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  36.51 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  39.18 
 
 		 344 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  43.39 
 
 		 363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  43.39 
 
 		 368 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  39.29 
 
 		 377 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  42.08 
 
 		 368 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  39.78 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  39.19 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  31.03 
 
 		 416 aa  108  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  38.03 
 
 		 400 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  27.72 
 
 		 438 aa  99.8  5e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  31.07 
 
 		 462 aa  99.4  7e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  37.36 
 
 		 668 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  27.27 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  27.08 
 
 		 745 aa  61.6  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  27.91 
 
 		 994 aa  60.1  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  28.57 
 
 		 409 aa  59.3  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.01 
 
 		 920 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  25.96 
 
 		 776 aa  57.4  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4166  hypothetical protein  25.47 
 
 		 895 aa  56.6  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  30 
 
 		 830 aa  55.8  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  24.87 
 
 		 996 aa  53.9  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  27.41 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0148  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  32.88 
 
 		 540 aa  45.1  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00412504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>