32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4527 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  84.3 
 
 		 776 aa  1209    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  100 
 
 		 745 aa  1488    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.65 
 
 		 920 aa  159  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  31.64 
 
 		 830 aa  147  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  32.65 
 
 		 994 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4166  hypothetical protein  28.42 
 
 		 895 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  30.03 
 
 		 996 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  27 
 
 		 668 aa  103  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  30.71 
 
 		 349 aa  67  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  31.73 
 
 		 344 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  31.73 
 
 		 344 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  31.73 
 
 		 344 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  32.76 
 
 		 351 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  32.76 
 
 		 351 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  32.76 
 
 		 351 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  28.77 
 
 		 337 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.2 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.08 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  28.21 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  26.8 
 
 		 344 aa  56.6  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  28.7 
 
 		 368 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  31.07 
 
 		 368 aa  54.7  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  29.59 
 
 		 368 aa  53.5  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  28.83 
 
 		 363 aa  53.9  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0148  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  29.73 
 
 		 540 aa  52.4  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00412504  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.27 
 
 		 367 aa  51.6  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  31.39 
 
 		 349 aa  49.7  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  27.18 
 
 		 377 aa  48.5  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3656  relaxase/mobilization nuclease family protein  23.74 
 
 		 777 aa  45.4  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  22.63 
 
 		 377 aa  44.7  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3793  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  23.74 
 
 		 736 aa  44.3  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00267002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  25 
 
 		 393 aa  43.9  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>