35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4977 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  754    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  70.03 
 
 		 368 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  43.51 
 
 		 344 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  38.72 
 
 		 400 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  36.56 
 
 		 337 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  37.23 
 
 		 351 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  37.23 
 
 		 351 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  36.1 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  35.74 
 
 		 337 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  37.01 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  35.74 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  36.1 
 
 		 344 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  34.88 
 
 		 367 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  35.74 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.64 
 
 		 321 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  35.12 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  33.7 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  41.71 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  34.36 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  34.14 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  32.93 
 
 		 377 aa  119  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  26.7 
 
 		 438 aa  93.6  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  29.51 
 
 		 416 aa  92.8  9e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  31.46 
 
 		 462 aa  92.8  9e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  26.83 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  29.89 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  36.78 
 
 		 668 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3989  relaxase/mobilization nuclease family protein  31.53 
 
 		 777 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  29.87 
 
 		 830 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3793  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  31.82 
 
 		 736 aa  49.3  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00267002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  27.18 
 
 		 745 aa  49.3  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3656  relaxase/mobilization nuclease family protein  31.53 
 
 		 777 aa  48.9  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  26.21 
 
 		 776 aa  47.8  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.74 
 
 		 920 aa  47.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  26.74 
 
 		 996 aa  43.1  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>