30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0031 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  100 
 
 		 409 aa  847    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  35.39 
 
 		 393 aa  203  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  29.15 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  27.27 
 
 		 416 aa  103  5e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  27.08 
 
 		 438 aa  90.9  4e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.72 
 
 		 377 aa  82.8  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  28.27 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  29.02 
 
 		 368 aa  67  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  28.27 
 
 		 363 aa  66.6  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  29.61 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  29.21 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  30.37 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  30.05 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  29.24 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  30.98 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  28.71 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  28.71 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  28.57 
 
 		 321 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6493  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  26.9 
 
 		 507 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.255427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  27.94 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  27.94 
 
 		 344 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  28.72 
 
 		 1557 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  28.72 
 
 		 1389 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.56 
 
 		 367 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.45 
 
 		 344 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  28.29 
 
 		 349 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  36.36 
 
 		 559 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  25.88 
 
 		 368 aa  48.5  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0933  Relaxase/mobilization nuclease family protein  28.57 
 
 		 425 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.978324  normal  0.238537 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0460  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  26.35 
 
 		 524 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.919355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>