More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2429 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.9 
 
 		 690 aa  1197    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  53.23 
 
 		 712 aa  764    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.61 
 
 		 690 aa  1184    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  50.94 
 
 		 691 aa  712    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  50.07 
 
 		 694 aa  699    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.9 
 
 		 690 aa  1197    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  79.31 
 
 		 692 aa  1177    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.9 
 
 		 690 aa  1198    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  50.43 
 
 		 703 aa  702    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  100 
 
 		 691 aa  1437    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.61 
 
 		 690 aa  1187    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  81.19 
 
 		 690 aa  1196    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  85.67 
 
 		 691 aa  1268    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  78.87 
 
 		 692 aa  1159    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  51.37 
 
 		 691 aa  721    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.75 
 
 		 690 aa  1190    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  77.86 
 
 		 690 aa  1142    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.03 
 
 		 690 aa  1184    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  77.31 
 
 		 691 aa  1143    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  51.6 
 
 		 686 aa  710    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  81.33 
 
 		 690 aa  1199    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  80.9 
 
 		 690 aa  1197    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0995  ATP-dependent DNA helicase DinG  41.25 
 
 		 708 aa  530  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.21 
 
 		 721 aa  481  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.1 
 
 		 714 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  37.19 
 
 		 714 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.33 
 
 		 714 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.83 
 
 		 714 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.6 
 
 		 714 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.23 
 
 		 714 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.74 
 
 		 725 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.47 
 
 		 714 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.33 
 
 		 714 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.74 
 
 		 707 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.47 
 
 		 714 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.86 
 
 		 714 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.77 
 
 		 714 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2381  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.83 
 
 		 720 aa  442  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980399 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.39 
 
 		 711 aa  432  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3854  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.35 
 
 		 700 aa  359  8e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.29 
 
 		 729 aa  359  9e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02825  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.89 
 
 		 710 aa  356  5.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.15 
 
 		 758 aa  355  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0866  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.26 
 
 		 716 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.5 
 
 		 714 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0857  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.5 
 
 		 714 aa  354  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0884  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.5 
 
 		 714 aa  354  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0969  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.41 
 
 		 714 aa  353  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1461  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.83 
 
 		 732 aa  353  5.9999999999999994e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.498771 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.88 
 
 		 726 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.88 
 
 		 726 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1289  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.94 
 
 		 725 aa  353  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0916  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.36 
 
 		 714 aa  352  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.88 
 
 		 726 aa  352  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.03 
 
 		 762 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00766  ATP-dependent DNA helicase  35.12 
 
 		 716 aa  351  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2843  helicase c2  35.12 
 
 		 716 aa  351  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0823  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.12 
 
 		 716 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00783  hypothetical protein  35.12 
 
 		 716 aa  351  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0853  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.12 
 
 		 716 aa  350  7e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2844  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.12 
 
 		 716 aa  350  7e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0506897 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2553  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.89 
 
 		 716 aa  348  2e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2398  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.65 
 
 		 715 aa  347  4e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.927767  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.2 
 
 		 692 aa  345  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2910  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.75 
 
 		 699 aa  342  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1552  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.89 
 
 		 699 aa  339  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.66 
 
 		 701 aa  337  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0503  helicase c2  32.21 
 
 		 750 aa  334  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.516825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.19 
 
 		 741 aa  330  5.0000000000000004e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2033  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.71 
 
 		 716 aa  323  8e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2732  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.74 
 
 		 738 aa  316  7e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196414  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  31.36 
 
 		 843 aa  291  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  31.22 
 
 		 876 aa  286  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  31.86 
 
 		 840 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  32.47 
 
 		 659 aa  272  2e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 		 930 aa  266  8e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  30.18 
 
 		 851 aa  264  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  29.74 
 
 		 661 aa  262  2e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  29.58 
 
 		 822 aa  258  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  28.29 
 
 		 832 aa  258  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  28.67 
 
 		 709 aa  258  3e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  28.59 
 
 		 640 aa  253  7e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  29.39 
 
 		 838 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.93 
 
 		 957 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  28.74 
 
 		 651 aa  246  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  28.65 
 
 		 846 aa  243  9e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  28.47 
 
 		 647 aa  241  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  28.28 
 
 		 636 aa  241  2.9999999999999997e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  29.39 
 
 		 660 aa  241  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  28.92 
 
 		 698 aa  235  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  28.88 
 
 		 653 aa  234  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3670  helicase c2  29.94 
 
 		 664 aa  234  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.978483  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  28.51 
 
 		 641 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  28.51 
 
 		 641 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.3 
 
 		 929 aa  233  9e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  29.12 
 
 		 643 aa  231  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  28.97 
 
 		 729 aa  225  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.79 
 
 		 960 aa  224  4e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 		 944 aa  223  7e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  27.88 
 
 		 639 aa  223  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>