283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2887 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2887  prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit  100 
 
 
475 aa  999    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0125851  hitchhiker  0.00158698 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2125  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.05 
 
 
765 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517485  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3907  fatty acid desaturase  42.27 
 
 
344 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2767  fatty acid desaturase  40.68 
 
 
363 aa  271  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6010  Fatty acid desaturase  39.82 
 
 
360 aa  263  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343107  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2071  fatty acid desaturase  39.51 
 
 
360 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.349993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2682  fatty acid desaturase  39.51 
 
 
360 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.472313  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2735  fatty acid desaturase  40.18 
 
 
340 aa  263  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2711  fatty acid desaturase  39.21 
 
 
360 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.302824  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5007  fatty acid desaturase  39.63 
 
 
363 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.427565  normal  0.0159789 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0615  fatty acid desaturase  38.65 
 
 
378 aa  260  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6028  fatty acid desaturase  37.54 
 
 
362 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.140521  normal  0.442849 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7183  fatty acid desaturase  38.44 
 
 
362 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0292257  normal  0.0391635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1456  fatty acid desaturase  38.08 
 
 
362 aa  250  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3304  fatty acid desaturase  36.34 
 
 
358 aa  233  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3955  fatty acid desaturase  31.17 
 
 
330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2765  fatty acid desaturase  28.57 
 
 
324 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0284  fatty acid desaturase  26.26 
 
 
336 aa  96.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.178806  hitchhiker  0.00696248 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2671  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.38 
 
 
104 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.506336  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5006  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.58 
 
 
105 aa  90.1  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0704074  normal  0.0116577 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6029  Rieske (2Fe-2S) domain protein, MocE subfamily  40 
 
 
104 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510688  normal  0.368717 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1713  hydrocarbon oxygenase MocD  28.85 
 
 
300 aa  84  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.2704  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7184  Rieske (2Fe-2S) domain protein, MocE subfamily  39 
 
 
104 aa  83.2  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00608599  normal  0.029061 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2734  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.38 
 
 
102 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3908  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.19 
 
 
115 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1457  MocE Rieske (2Fe-2S)  38.71 
 
 
103 aa  80.9  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0616  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.38 
 
 
102 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7514  fatty acid desaturase  25.67 
 
 
311 aa  80.1  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748697  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6009  Rieske (2Fe-2S) protein  37.37 
 
 
102 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322393  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2768  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.73 
 
 
109 aa  78.2  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4288  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37 
 
 
105 aa  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0716  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.8 
 
 
105 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.025133  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0311  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.78 
 
 
105 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.021793 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  33 
 
 
104 aa  75.1  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2070  MocE Rieske (2Fe-2S)  36.36 
 
 
102 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.143591  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2681  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
102 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2710  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
102 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332301  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1088  ferredoxin subunit of A ring-hydroxylating dioxygenase oxidoreductase protein  36 
 
 
103 aa  74.7  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173698  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6777  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
103 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.130934 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3091  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.85 
 
 
104 aa  72.8  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.954428 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5347  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.68 
 
 
105 aa  73.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210101  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.31 
 
 
103 aa  72.4  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0985  Rieske (2Fe-2S) region  32.67 
 
 
106 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.750027  hitchhiker  0.00017635 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0795  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
105 aa  70.9  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1694  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.86 
 
 
105 aa  70.5  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0969  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.03 
 
 
101 aa  70.5  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535859  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1985  putative dioxygenase  36.84 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.51691  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3778  Rieske (2Fe-2S) region  40.24 
 
 
101 aa  70.1  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02432  3-phenylpropionate dioxygenase, predicted ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1128  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1137  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02396  hypothetical protein  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3772  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2692  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2693  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.77141  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2825  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  44.93 
 
 
106 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1586  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.9 
 
 
107 aa  68.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0940  putative Rieske (2Fe-2S) ferredoxin  35 
 
 
114 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.02 
 
 
112 aa  68.2  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2298  Rieske (2Fe-2S) domain protein, MocE subfamily  37.78 
 
 
103 aa  68.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397764  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0406  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.35 
 
 
103 aa  67.8  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0909  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.84 
 
 
109 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.056825  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2461  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.02 
 
 
104 aa  68.2  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.601158  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20070  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  33.64 
 
 
109 aa  67.8  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0130  Rieske (2Fe-2S) protein  29.52 
 
 
106 aa  67.4  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2265  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.06 
 
 
113 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.144198 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6323  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
101 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
103 aa  66.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3969  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
105 aa  65.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2087  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
118 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1662  Rieske (2Fe-2S) protein  30.39 
 
 
125 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.282248  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0167  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
109 aa  64.7  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000930652 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1673  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33.62 
 
 
110 aa  63.5  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.314946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2879  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.65 
 
 
107 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.388175  normal  0.0551812 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0490  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7057  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.31 
 
 
104 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250016  normal  0.403256 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46275  predicted protein  24.92 
 
 
427 aa  62.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0987  Rieske 2Fe-2S family protein  31.11 
 
 
106 aa  62  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4859  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.67 
 
 
122 aa  62  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0807982  normal  0.0317192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3247  Rieske (2Fe-2S) region  34.78 
 
 
114 aa  61.6  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000206921  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14640  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  34.15 
 
 
112 aa  61.6  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.857724  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.47 
 
 
96 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1503  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  33 
 
 
105 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4275  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
106 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0173  Rieske (2Fe-2S) region  29.29 
 
 
104 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2961  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  30.19 
 
 
111 aa  60.8  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4149  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.16 
 
 
109 aa  60.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411915  normal  0.231451 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2066  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.04 
 
 
121 aa  60.5  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1197  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  43.55 
 
 
112 aa  60.1  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.430122  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3347  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  39.71 
 
 
102 aa  60.1  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2705  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  30 
 
 
109 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0236  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  30 
 
 
109 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0597  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  32 
 
 
105 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0893389  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0981  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  30 
 
 
109 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2492  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32 
 
 
105 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1232  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32 
 
 
105 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2561  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  30 
 
 
109 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0321  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  32 
 
 
105 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2338  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.21 
 
 
113 aa  58.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.700788 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1305  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32 
 
 
105 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.935545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>