68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0529 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  100 
 
 
222 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  96.4 
 
 
222 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  65.18 
 
 
211 aa  241  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  33.88 
 
 
208 aa  96.3  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  38.41 
 
 
238 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  38.41 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  34.74 
 
 
240 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  39.74 
 
 
242 aa  91.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  37.75 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  37.09 
 
 
240 aa  89.7  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  34.21 
 
 
233 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  32.14 
 
 
243 aa  84.7  1e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  34.48 
 
 
248 aa  84  2e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  32.67 
 
 
207 aa  81.6  9e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  38.93 
 
 
195 aa  81.6  9e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  32.88 
 
 
250 aa  81.3  1e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  33.11 
 
 
264 aa  80.9  1e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  32.45 
 
 
239 aa  80.9  2e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  32.45 
 
 
256 aa  80.5  2e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  32.45 
 
 
252 aa  80.9  2e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  32.45 
 
 
256 aa  80.5  2e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  32.45 
 
 
252 aa  80.9  2e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  32.45 
 
 
256 aa  80.5  2e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  31.89 
 
 
233 aa  79.7  3e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  31.79 
 
 
252 aa  79.3  4e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  33.18 
 
 
236 aa  79.7  4e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.07973e-05  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  35.54 
 
 
210 aa  75.9  5e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  29.17 
 
 
215 aa  73.6  3e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  30.57 
 
 
207 aa  72.4  5e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  27.46 
 
 
207 aa  72  7e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  28.91 
 
 
201 aa  70.1  2e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  29.17 
 
 
253 aa  70.9  2e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  28.64 
 
 
183 aa  68.2  9e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  30.69 
 
 
196 aa  64.3  1e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  32.19 
 
 
191 aa  64.3  1e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  32.39 
 
 
188 aa  63.2  3e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  29.86 
 
 
233 aa  62.4  6e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  29.95 
 
 
192 aa  60.5  2e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  26.5 
 
 
204 aa  60.1  3e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  30.34 
 
 
197 aa  59.7  4e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.2506e-07 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  30.56 
 
 
196 aa  58.5  8e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  34.02 
 
 
209 aa  57.8  1e-07  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  27.39 
 
 
176 aa  56.6  3e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  28.66 
 
 
176 aa  55.8  5e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  24.53 
 
 
212 aa  54.7  1e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  25 
 
 
199 aa  52.4  6e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  26.9 
 
 
203 aa  51.2  1e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1747  hypothetical protein  35.16 
 
 
185 aa  49.7  4e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00777543  decreased coverage  3.70009e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  26.76 
 
 
201 aa  46.2  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  23.71 
 
 
225 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  32.22 
 
 
187 aa  44.3  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.27636e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  32.22 
 
 
182 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.61465e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1464  hypothetical protein  36.51 
 
 
188 aa  44.3  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.57242e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  32.22 
 
 
187 aa  44.3  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.40203e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  32.22 
 
 
187 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.85697e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  32.22 
 
 
187 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.2581e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2068  protein of unknown function DUF330  32.98 
 
 
188 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  32.22 
 
 
187 aa  44.3  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.51515e-06  hitchhiker  2.97897e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  32.22 
 
 
187 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  32.22 
 
 
182 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  2.76204e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1128  putative lipoprotein  38.33 
 
 
187 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000973487  normal  0.73613 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2167  putative lipoprotein  32.22 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  4.82452e-07  normal  0.394753 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1106  putative lipoprotein  38.33 
 
 
187 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  0.0111053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1174  hypothetical protein  38.33 
 
 
187 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00770681  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1023  putative lipoprotein  38.33 
 
 
187 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.48477e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4854  hypothetical protein  30.77 
 
 
182 aa  42.4  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1795  hypothetical protein  32.26 
 
 
188 aa  42.7  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0367  hypothetical protein  30.77 
 
 
182 aa  42.4  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>