More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2042 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  87.63 
 
 
301 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  6.88741e-11  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  87.37 
 
 
287 aa  521  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  79.6 
 
 
301 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  75 
 
 
301 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  71.91 
 
 
301 aa  459  1e-128  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  71.57 
 
 
307 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  55.36 
 
 
299 aa  346  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  46.71 
 
 
298 aa  284  1e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 
315 aa  244  2e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 
310 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 
315 aa  240  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 
328 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 
294 aa  235  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 
339 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  41.64 
 
 
325 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  39.07 
 
 
329 aa  228  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  44.66 
 
 
308 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
319 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
319 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
319 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
330 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  44.7 
 
 
325 aa  226  5e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
339 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
350 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  39.45 
 
 
350 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
318 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
332 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
332 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
332 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 
322 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 
297 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 
319 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 
319 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  39.3 
 
 
301 aa  220  2e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 
312 aa  220  2e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 
312 aa  220  2e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
329 aa  221  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 
319 aa  220  2e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
329 aa  221  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
329 aa  219  4e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 
321 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 
329 aa  216  3e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 
329 aa  216  3e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 
329 aa  216  3e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 
329 aa  216  3e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 
311 aa  214  1e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 
311 aa  210  2e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  5.18709e-05  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 
303 aa  209  4e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 
294 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 
294 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  37.94 
 
 
296 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  37.97 
 
 
315 aa  198  1e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 
303 aa  196  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 
299 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 
326 aa  192  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  33.81 
 
 
326 aa  187  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 
302 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 
301 aa  184  2e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 
309 aa  184  2e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.38 
 
 
319 aa  176  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  35.04 
 
 
296 aa  171  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 
309 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 
256 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 
289 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  34.23 
 
 
295 aa  152  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 
302 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
290 aa  148  1e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  3.61988e-11 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
291 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.04 
 
 
290 aa  142  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 
318 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  3.30517e-05  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.72 
 
 
290 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 
290 aa  137  3e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 
291 aa  136  3e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 
291 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 
289 aa  135  6e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 
324 aa  135  1e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 
327 aa  134  1e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 
288 aa  134  2e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 
324 aa  134  2e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  29.75 
 
 
324 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 
325 aa  131  1e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 
322 aa  131  2e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
327 aa  131  2e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 
323 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
324 aa  129  5e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
324 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
324 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
324 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
324 aa  129  7e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 
324 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 
324 aa  128  1e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 
286 aa  128  2e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 
318 aa  127  2e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 
288 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 
318 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 
303 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 
298 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 
325 aa  120  2e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>