More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3604 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  98.27 
 
 		 463 aa  910    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  80.56 
 
 		 464 aa  762    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  79.48 
 
 		 464 aa  757    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  97.84 
 
 		 463 aa  884    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  82.65 
 
 		 464 aa  774    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  77.75 
 
 		 465 aa  722    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  77.32 
 
 		 462 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  96.11 
 
 		 464 aa  872    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 		 463 aa  923    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  77.11 
 
 		 464 aa  712    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  77.8 
 
 		 465 aa  721    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  61.79 
 
 		 458 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  58.26 
 
 		 489 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  61.3 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  59.83 
 
 		 468 aa  520  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  58 
 
 		 502 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  57.17 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  58.26 
 
 		 479 aa  511  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.88 
 
 		 528 aa  498  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  50.72 
 
 		 554 aa  486  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.64 
 
 		 487 aa  487  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.53 
 
 		 482 aa  484  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.9 
 
 		 479 aa  479  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.24 
 
 		 462 aa  481  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.1 
 
 		 482 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  56.09 
 
 		 481 aa  478  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  51.85 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  52.92 
 
 		 473 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  52.92 
 
 		 473 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  52.61 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  52.61 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  52.7 
 
 		 470 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.27 
 
 		 480 aa  445  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.48 
 
 		 480 aa  442  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  54.19 
 
 		 467 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.72 
 
 		 472 aa  441  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  51.85 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  51.85 
 
 		 459 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  50.77 
 
 		 459 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  52.39 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  51.85 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  51.63 
 
 		 457 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  50.33 
 
 		 459 aa  438  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.48 
 
 		 473 aa  434  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.41 
 
 		 470 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.61 
 
 		 484 aa  427  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  49.35 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  52.52 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  52.52 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.52 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0830  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.83 
 
 		 473 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.15 
 
 		 476 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1933  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.75 
 
 		 495 aa  419  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  51.62 
 
 		 472 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  46.81 
 
 		 476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.59 
 
 		 478 aa  355  1e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.54 
 
 		 478 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.83 
 
 		 283 aa  327  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.45 
 
 		 478 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6982  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.58 
 
 		 476 aa  324  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0347  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.08 
 
 		 464 aa  322  8e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.354994 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.83 
 
 		 476 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3562  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.23 
 
 		 478 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.36 
 
 		 478 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.25 
 
 		 475 aa  317  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  43.82 
 
 		 477 aa  315  9e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  43.6 
 
 		 478 aa  311  1e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.69 
 
 		 478 aa  310  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.94 
 
 		 478 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.84 
 
 		 484 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2375  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.32 
 
 		 507 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.59 
 
 		 480 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.41 
 
 		 480 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  39.2 
 
 		 485 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.89 
 
 		 521 aa  300  3e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.44 
 
 		 505 aa  294  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.69 
 
 		 490 aa  293  5e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2314  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  61.87 
 
 		 290 aa  291  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0400127  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1706  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  57.25 
 
 		 297 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3275  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  57.96 
 
 		 254 aa  288  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  56.33 
 
 		 275 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5891  siroheme synthase  40.13 
 
 		 493 aa  287  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  62.4 
 
 		 247 aa  285  8e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  hitchhiker  0.00000522176 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3047  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.71 
 
 		 467 aa  283  6.000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0114628  normal  0.960594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.09 
 
 		 282 aa  282  7.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.87 
 
 		 485 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1262  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  61.29 
 
 		 284 aa  281  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4228  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.85 
 
 		 292 aa  281  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  60.17 
 
 		 286 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.530041  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2864  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.72 
 
 		 510 aa  279  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29074  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  60.59 
 
 		 279 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.62 
 
 		 473 aa  275  9e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.6 
 
 		 272 aa  274  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>