66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2541 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2541  fatty acid desaturase  100 
 
 		 387 aa  785    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00838464  hitchhiker  0.00025026 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1222  alkane 1-monooxygenase  73.04 
 
 		 400 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4185  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  67.62 
 
 		 752 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1262  alkane 1-monooxygenase  44.21 
 
 		 400 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2642  hypothetical protein  40.46 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30810  alkane-1-monooxygenase  40.15 
 
 		 382 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00688507  hitchhiker  0.000000000018165 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0980  alkane 1-monooxygenase  33.89 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0501  alkane-1 monooxygenase  33.89 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.070399  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0941  alkane 1-monooxygenase  33.89 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2750  alkane 1-monooxygenase  38.91 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.149414  normal  0.78893 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4085  alkane 1-monooxygenase  34.6 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64023  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0841  alkane 1-monooxygenase  34.72 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.767136  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4109  Alkane 1-monooxygenase  34.02 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.491081  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4221  Alkane 1-monooxygenase  34.02 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3808  alkane hydroxylase  37.79 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2053  alkane 1-monooxygenase  40.91 
 
 		 410 aa  164  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2735  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2801  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2678  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0635  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1692  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.441803  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0853  alkane 1-monooxygenase  33.61 
 
 		 386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2910  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0419518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2377  alkane-1 monooxygenase  33.53 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1208  alkane 1-monooxygenase  33.98 
 
 		 384 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000710132  normal  0.456218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44700  alkane-1-monooxygenase 2  37.89 
 
 		 377 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0109557 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3068  hypothetical protein  38.15 
 
 		 355 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2418  alkane 1-monooxygenase  40.08 
 
 		 286 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0357839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1814  alkane-1 monooxygenase  33.13 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5401  Alkane 1-monooxygenase  38.65 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0125234  normal  0.126955 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2925  hypothetical protein  37.75 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2843  alkane 1-monooxygenase  35.55 
 
 		 433 aa  159  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0122  alkane 1-monooxygenase  33.96 
 
 		 481 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174684  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0560  Alkane 1-monooxygenase  39.39 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4212  Alkane 1-monooxygenase  41.91 
 
 		 470 aa  153  5e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2098  alkane 1-monooxygenase  33.43 
 
 		 380 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.512673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2903  fatty acid desaturase  27.66 
 
 		 376 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.410754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3100  alkane 1-monooxygenase  34.11 
 
 		 396 aa  150  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.445628  normal  0.18825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1373  Alkane 1-monooxygenase  40.52 
 
 		 403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.935228 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3845  fatty acid desaturase  28.53 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3561  p-cymene monooxygenase, hydroxylase subunit(CymAa)  27.94 
 
 		 375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1742  alkane 1-monooxygenase  36.19 
 
 		 423 aa  147  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.967304  normal  0.913807 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2750  Alkane 1-monooxygenase  38.14 
 
 		 420 aa  146  7.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0118  alkane 1-monooxygenase  33.06 
 
 		 423 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0516319  normal  0.119168 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2192  alkane 1-monooxygenase  39.6 
 
 		 420 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.258333 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1369  alkane 1-monooxygenase  37.29 
 
 		 407 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5739  Alkane 1-monooxygenase  37.65 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0394  alkane 1-monooxygenase  36.59 
 
 		 377 aa  142  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.342952 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1467  alkane 1-monooxygenase  32.53 
 
 		 423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181491  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0065  alkane 1-monooxygenase  33.88 
 
 		 425 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446257  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0027  alkane 1-monooxygenase  32.43 
 
 		 384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114145  normal  0.114958 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4721  alkane 1-monooxygenase  34.07 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1333  alkane 1-monooxygenase  36.67 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1350  alkane 1-monooxygenase  36.67 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.174532  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3369  alkane 1-monooxygenase  38.06 
 
 		 398 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1251  alkane 1-monooxygenase  39.74 
 
 		 409 aa  135  8e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13281  transmembrane alkane 1-monooxygenase alkB  36.18 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.863568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0610  alkane 1-monooxygenase  30.4 
 
 		 406 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2646  alkane 1-monooxygenase  35.34 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.593817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0440  alkane 1-monooxygenase  30.09 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.560557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0443  alkane 1-monooxygenase  31.98 
 
 		 401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5439  alkane 1-monooxygenase  33.73 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.186555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0606  alkane 1-monooxygenase  32.55 
 
 		 400 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1213  alkane 1-monooxygenase  28.45 
 
 		 415 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1639  fatty acid desaturase domain-containing protein  29.52 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.157574  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5477  alkane 1-monooxygenase  22.52 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.354466 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>