55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0451 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  100 
 
 		 148 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  60.87 
 
 		 149 aa  184  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  66.22 
 
 		 166 aa  177  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  52.05 
 
 		 148 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  51.52 
 
 		 152 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  51.91 
 
 		 155 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  51.52 
 
 		 152 aa  144  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  43.06 
 
 		 152 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  43.06 
 
 		 152 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  30.87 
 
 		 153 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  36.84 
 
 		 154 aa  71.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  32.17 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  32.54 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  29.6 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  30.95 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  29.23 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  31.73 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  26.4 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  24.8 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  24 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  24.83 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  29.37 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  24.79 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  28.57 
 
 		 147 aa  51.2  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  24.83 
 
 		 155 aa  51.6  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  23.2 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  23.2 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  23.2 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  28.77 
 
 		 151 aa  51.2  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  23.2 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  23.2 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  23.2 
 
 		 149 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  28.57 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  26.21 
 
 		 150 aa  51.2  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  30.25 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  23.65 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  33.33 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  26.05 
 
 		 172 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  26.35 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  22.37 
 
 		 149 aa  47.8  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  23.45 
 
 		 144 aa  47.4  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  23.68 
 
 		 150 aa  47  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  25.47 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  24.19 
 
 		 157 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  21.85 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  26.23 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  23.2 
 
 		 153 aa  45.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  21.77 
 
 		 147 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  25.83 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  31.43 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  29.17 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  26.05 
 
 		 159 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  25.2 
 
 		 153 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  27.52 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  27.12 
 
 		 159 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>