More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0054 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 314 aa  631  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  81.85 
 
 		 314 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  80.97 
 
 		 310 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  81.79 
 
 		 319 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  80.97 
 
 		 310 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  80 
 
 		 310 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  80 
 
 		 310 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  80 
 
 		 310 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  80.89 
 
 		 314 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  82.48 
 
 		 314 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  76.36 
 
 		 325 aa  451  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  61.74 
 
 		 321 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  60.91 
 
 		 311 aa  391  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  60.9 
 
 		 318 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  60.9 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  60.9 
 
 		 318 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  60.58 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  59.94 
 
 		 318 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  60.38 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  60.45 
 
 		 329 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  62.26 
 
 		 324 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  60.58 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  60.9 
 
 		 318 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  60.51 
 
 		 318 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  60.26 
 
 		 318 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  62.26 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  59.49 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  62.58 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  60.45 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  57.88 
 
 		 315 aa  378  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  59.49 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  58.97 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  58.97 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  58.97 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  59.49 
 
 		 315 aa  371  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  54.98 
 
 		 321 aa  365  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  59.24 
 
 		 315 aa  364  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  57.32 
 
 		 315 aa  364  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  58.01 
 
 		 313 aa  362  3e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  56.69 
 
 		 315 aa  362  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  58.1 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  59.27 
 
 		 322 aa  358  5e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  60.75 
 
 		 325 aa  358  5e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  56.05 
 
 		 315 aa  358  8e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  58.01 
 
 		 313 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  55.06 
 
 		 315 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  55.73 
 
 		 316 aa  352  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  53.53 
 
 		 312 aa  350  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  52.88 
 
 		 314 aa  348  6e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  58.19 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  52.24 
 
 		 314 aa  342  5e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  58.47 
 
 		 318 aa  341  9e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  58.22 
 
 		 307 aa  335  5.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  53.77 
 
 		 312 aa  335  5.999999999999999e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  55.41 
 
 		 317 aa  334  1e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  51.9 
 
 		 332 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  54.93 
 
 		 307 aa  322  5e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  51.3 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  51.3 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  54.93 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  55.05 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  48.93 
 
 		 327 aa  316  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  55.03 
 
 		 311 aa  315  5e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  52.75 
 
 		 323 aa  315  9e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  53.75 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  57.79 
 
 		 320 aa  311  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  56.04 
 
 		 320 aa  308  5.9999999999999995e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  53.22 
 
 		 308 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  50.69 
 
 		 316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  51.68 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  49.51 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  53.11 
 
 		 323 aa  296  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  47.1 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  52.8 
 
 		 323 aa  295  8e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  49.17 
 
 		 318 aa  295  8e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  48.39 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 		 312 aa  293  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2627  methionyl-tRNA formyltransferase  56.72 
 
 		 314 aa  292  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.640895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  55.15 
 
 		 309 aa  292  6e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  47.74 
 
 		 313 aa  290  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  54.58 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  54.17 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  48.06 
 
 		 317 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  53 
 
 		 310 aa  289  5.0000000000000004e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 		 348 aa  288  6e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  53.59 
 
 		 327 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  54.01 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  53.47 
 
 		 331 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>