More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4982 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  100 
 
 		 183 aa  356  8e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  99.45 
 
 		 183 aa  356  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  96.72 
 
 		 183 aa  350  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  92.35 
 
 		 183 aa  337  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  81.42 
 
 		 183 aa  297  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  74.18 
 
 		 182 aa  266  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  74.03 
 
 		 184 aa  264  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  71.04 
 
 		 189 aa  260  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  70.49 
 
 		 189 aa  259  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  67.96 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  69.4 
 
 		 184 aa  242  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  61.75 
 
 		 192 aa  239  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  58.56 
 
 		 184 aa  226  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  58.24 
 
 		 184 aa  224  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  55.19 
 
 		 184 aa  219  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  55.19 
 
 		 190 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  56.59 
 
 		 184 aa  217  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  56.59 
 
 		 184 aa  217  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 213 aa  216  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  56.04 
 
 		 184 aa  215  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  56.28 
 
 		 188 aa  213  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.28 
 
 		 188 aa  213  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  55.74 
 
 		 188 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  55.74 
 
 		 188 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  55.74 
 
 		 188 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  56.28 
 
 		 190 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  55.19 
 
 		 192 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  55.74 
 
 		 190 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  56.28 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  58.24 
 
 		 184 aa  197  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  51.1 
 
 		 183 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  53.33 
 
 		 182 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  50.85 
 
 		 183 aa  184  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  50.85 
 
 		 183 aa  184  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  48.89 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  50.28 
 
 		 183 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1216  cytochrome b561  51.67 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000559854  normal  0.299312 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  50.28 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  50.56 
 
 		 183 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  49.72 
 
 		 183 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  49.72 
 
 		 183 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  49.72 
 
 		 183 aa  181  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  53.04 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000137011  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  47.75 
 
 		 189 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1316  cytochrome B561  51.41 
 
 		 183 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171547  normal  0.725201 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0472  putative cytochrome b561  47.75 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.73245e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  48.33 
 
 		 183 aa  168  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2129  cytochrome B561  52.25 
 
 		 198 aa  168  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000482046  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1313  cytochrome B561  53.14 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169075  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000195  cytochrome b561  46.24 
 
 		 179 aa  163  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000187144  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  45.45 
 
 		 179 aa  160  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2876  cytochrome B561  50.28 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.379711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  46.11 
 
 		 183 aa  157  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1042  cytochrome B561  49.15 
 
 		 175 aa  150  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  44.26 
 
 		 189 aa  150  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0949  cytochrome b561  47.73 
 
 		 181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000303039  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  44.63 
 
 		 188 aa  122  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  38.55 
 
 		 193 aa  121  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  40.23 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  40 
 
 		 195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  38.86 
 
 		 178 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  38.82 
 
 		 193 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  37.64 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  42.05 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  42.7 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  38.51 
 
 		 191 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  39.56 
 
 		 197 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  35.39 
 
 		 186 aa  105  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  36.36 
 
 		 181 aa  105  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  35.06 
 
 		 186 aa  104  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  35.06 
 
 		 186 aa  104  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  35.26 
 
 		 186 aa  104  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  36.31 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  37.16 
 
 		 185 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  35.75 
 
 		 176 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  35.39 
 
 		 186 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  36.36 
 
 		 189 aa  101  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  36.52 
 
 		 197 aa  101  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  36.21 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.88 
 
 		 186 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  32.32 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  40 
 
 		 196 aa  99  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  38.25 
 
 		 188 aa  98.6  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  33.71 
 
 		 186 aa  98.2  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  34.83 
 
 		 186 aa  97.8  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  36 
 
 		 191 aa  97.8  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.76 
 
 		 189 aa  97.4  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  32.28 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  38.25 
 
 		 197 aa  96.3  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  35.75 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  35.29 
 
 		 199 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  35.29 
 
 		 222 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  39.13 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  32.04 
 
 		 184 aa  92.8  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  32.37 
 
 		 181 aa  91.7  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  40.88 
 
 		 182 aa  91.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  37.97 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>