More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4741 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 489 aa  1022    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  65.85 
 
 		 493 aa  681    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  67.22 
 
 		 489 aa  687    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  62.01 
 
 		 488 aa  639    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  88.96 
 
 		 489 aa  932    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  89.78 
 
 		 489 aa  937    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  65.54 
 
 		 501 aa  692    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  84.25 
 
 		 489 aa  878    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  68.24 
 
 		 489 aa  707    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  67.27 
 
 		 500 aa  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  66.46 
 
 		 489 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  68.24 
 
 		 489 aa  707    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  66.67 
 
 		 500 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  74.18 
 
 		 490 aa  776    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  67.28 
 
 		 493 aa  689    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  65.91 
 
 		 492 aa  679    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  68.52 
 
 		 493 aa  711    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  65.23 
 
 		 485 aa  650    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  62.47 
 
 		 479 aa  630  1e-179  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  63.11 
 
 		 488 aa  625  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  62.37 
 
 		 484 aa  620  1e-176  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  60.99 
 
 		 481 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  60.57 
 
 		 481 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  62.42 
 
 		 481 aa  604  1.0000000000000001e-171  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  53.29 
 
 		 477 aa  537  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  49.9 
 
 		 502 aa  501  1e-141  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  50.61 
 
 		 484 aa  481  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  47.59 
 
 		 489 aa  461  9.999999999999999e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  46.26 
 
 		 519 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43 
 
 		 703 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  43.31 
 
 		 710 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  37.32 
 
 		 484 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  37.12 
 
 		 484 aa  306  8.000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.73 
 
 		 484 aa  301  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  37.85 
 
 		 486 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  36.84 
 
 		 484 aa  296  8e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  35.76 
 
 		 492 aa  293  7e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  36.44 
 
 		 484 aa  292  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  35.81 
 
 		 486 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  34.84 
 
 		 494 aa  283  5.000000000000001e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  34.18 
 
 		 495 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  35.28 
 
 		 509 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  33.27 
 
 		 490 aa  241  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  33.65 
 
 		 534 aa  240  4e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41600  DNA methylase  57 
 
 		 212 aa  240  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  32.6 
 
 		 503 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  32.02 
 
 		 571 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  33.16 
 
 		 499 aa  203  5e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  32.82 
 
 		 480 aa  192  2e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  30.04 
 
 		 484 aa  186  8e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  32.06 
 
 		 540 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  29.85 
 
 		 506 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  29.69 
 
 		 505 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  33.69 
 
 		 486 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  29.83 
 
 		 539 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  30.27 
 
 		 508 aa  178  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.85 
 
 		 533 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  27.68 
 
 		 513 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  29.44 
 
 		 506 aa  175  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  30 
 
 		 489 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  30.96 
 
 		 537 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  31.69 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  32.4 
 
 		 484 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  28.68 
 
 		 549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  27.4 
 
 		 513 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.46 
 
 		 530 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  31.66 
 
 		 477 aa  172  2e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  32.41 
 
 		 484 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  29.34 
 
 		 544 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  27.52 
 
 		 544 aa  170  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  31.33 
 
 		 478 aa  170  6e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  31.46 
 
 		 530 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  29.11 
 
 		 544 aa  169  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  30.21 
 
 		 553 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  29.95 
 
 		 514 aa  167  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  29.98 
 
 		 529 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  29.98 
 
 		 529 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  28.4 
 
 		 545 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  29 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  29.58 
 
 		 553 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  29.31 
 
 		 529 aa  163  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  31.88 
 
 		 563 aa  163  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  27.36 
 
 		 527 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  33.75 
 
 		 493 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  30.07 
 
 		 481 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  29.29 
 
 		 529 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  29.59 
 
 		 548 aa  158  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  33.92 
 
 		 579 aa  158  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  30.91 
 
 		 481 aa  158  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  31.13 
 
 		 479 aa  156  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  27.54 
 
 		 517 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  29.56 
 
 		 524 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 		 570 aa  154  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  32.68 
 
 		 1005 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  30.21 
 
 		 834 aa  153  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  32.13 
 
 		 775 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  30.39 
 
 		 512 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.3 
 
 		 529 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  29.72 
 
 		 504 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  30.57 
 
 		 493 aa  143  8e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>