97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3198 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3198  ferredoxin, 2Fe-2S  100 
 
 
112 aa  230  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0027175  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1935  hypothetical protein  53.12 
 
 
120 aa  112  1e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455363  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4829  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.99 
 
 
119 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642068 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0838  Rieske [2Fe-2S] region  42.59 
 
 
132 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  6.49112e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42610  hypothetical protein  47.96 
 
 
105 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217045  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0992  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.71 
 
 
105 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0130458  hitchhiker  1.16756e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3905  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.19 
 
 
114 aa  84  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.66 
 
 
105 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.347579  hitchhiker  6.39734e-10 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0858  Rieske (2Fe-2S) region  39.56 
 
 
120 aa  83.2  1e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3141  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.71 
 
 
120 aa  83.2  1e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0972  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  42.45 
 
 
110 aa  82.8  2e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  2.77135e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4801  Rieske (2Fe-2S) region  45.83 
 
 
105 aa  80.5  8e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0146102  hitchhiker  0.00629459 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0114  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.9 
 
 
108 aa  80.1  9e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4688  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.65 
 
 
105 aa  77.4  5e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0626972  hitchhiker  4.88951e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5427  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  42.2 
 
 
107 aa  77.4  6e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62360  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.28 
 
 
115 aa  77.4  7e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1176  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.22 
 
 
125 aa  76.3  1e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262842  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4690  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44 
 
 
114 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000178918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.27 
 
 
105 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41211e-07 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5279  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.22 
 
 
124 aa  75.5  2e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238737  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2849  Rieske (2Fe-2S) protein  39.81 
 
 
118 aa  75.1  3e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3370  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.33 
 
 
104 aa  73.9  6e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0252226 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1340  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.76 
 
 
116 aa  74.3  6e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.1033e-05 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4785  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.24 
 
 
126 aa  72.4  2e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1723  Rieske (2Fe-2S) protein  44.93 
 
 
121 aa  70.1  9e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1381  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.21 
 
 
123 aa  69.7  1e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0589  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.22 
 
 
126 aa  69.7  1e-11  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.03606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3287  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.29 
 
 
125 aa  69.3  2e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5218  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.24 
 
 
111 aa  68.9  2e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434864  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2640  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.29 
 
 
125 aa  69.3  2e-11  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6068  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.62 
 
 
111 aa  68.2  3e-11  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0959217  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5489  ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  33.68 
 
 
119 aa  68.6  3e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0659  hypothetical protein  38.83 
 
 
136 aa  67.8  4e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0676  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.46 
 
 
123 aa  67  7e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3380  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.3 
 
 
111 aa  67  8e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5912  hypothetical protein  34.69 
 
 
155 aa  66.6  1e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3434  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
111 aa  66.2  1e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0973  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35 
 
 
130 aa  65.9  2e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0515815 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.81 
 
 
121 aa  66.2  2e-10  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0908  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36 
 
 
130 aa  66.2  2e-10  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.313285  normal  0.0276254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2272  Rieske (2Fe-2S) region  39.19 
 
 
134 aa  65.1  3e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3657  Rieske (2Fe-2S) region  36.67 
 
 
121 aa  65.1  3e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1043  hypothetical protein  39.19 
 
 
138 aa  65.1  3e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0922873  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.25 
 
 
109 aa  64.3  5e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.724379  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.38 
 
 
111 aa  64.3  5e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.171695  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35 
 
 
134 aa  64.7  5e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00744341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3574  Rieske (2Fe-2S) region  39.36 
 
 
117 aa  63.9  7e-10  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556915  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.05 
 
 
153 aa  63.5  9e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2392  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.83 
 
 
124 aa  63.5  9e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348824  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4253  hypothetical protein  35.71 
 
 
144 aa  63.5  9e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  0.678624 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1710  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  36.73 
 
 
131 aa  63.5  9e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4226  Rieske (2Fe-2S) protein  35 
 
 
133 aa  62.8  1e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2437  Rieske (2Fe-2S) region  37.8 
 
 
127 aa  63.5  1e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.55603  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2487  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00132222  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00324792  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0821  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35 
 
 
130 aa  62.4  2e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239168  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2799  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0503713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2860  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0573473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1810  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1561  hypothetical protein  35.78 
 
 
116 aa  62.4  2e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.150485  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0523  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0994  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34 
 
 
136 aa  61.6  3e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5626  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.71 
 
 
111 aa  61.6  4e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.164476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01838  rieske  43.66 
 
 
113 aa  60.8  5e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.318103  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2190  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34 
 
 
132 aa  60.8  6e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3193  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.85 
 
 
111 aa  60.5  8e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242192  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0990  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.11 
 
 
136 aa  60.1  1e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1065  hypothetical protein  35.9 
 
 
133 aa  60.1  1e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.967629  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.11 
 
 
133 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0634  Rieske (2Fe-2S) region  36.11 
 
 
133 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1072  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.11 
 
 
133 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640953  normal  0.136055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2008  Rieske (2Fe-2S) region  33.75 
 
 
119 aa  59.3  2e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0350  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.13 
 
 
217 aa  58.9  2e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0029  Ketohexokinase  33.94 
 
 
420 aa  58.9  2e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.892362  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2735  Rieske (2Fe-2S) protein  35.16 
 
 
111 aa  58.5  3e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0390389  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.78 
 
 
122 aa  57  8e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0228441  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3650  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.56 
 
 
130 aa  54.7  4e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27405 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0036  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.87 
 
 
111 aa  52.8  1e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1663  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.38 
 
 
118 aa  52.8  1e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
142 aa  52.4  2e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1421  Rieske (2Fe-2S) region  32 
 
 
122 aa  51.6  4e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0130  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.29 
 
 
149 aa  48.9  2e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2495  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.9 
 
 
151 aa  48.9  2e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.746892 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0386  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.37 
 
 
171 aa  47.8  5e-05  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.166623  normal  0.344702 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0559  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.36 
 
 
156 aa  47.4  6e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1488  PfkB  33.33 
 
 
401 aa  46.2  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0513  Ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase-like protein  38.64 
 
 
303 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4812  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.36 
 
 
304 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3084  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.89 
 
 
138 aa  44.3  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.325284  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2167  hypothetical protein  28.28 
 
 
149 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0481  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  46.15 
 
 
353 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0971818  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0544  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.55 
 
 
127 aa  42  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.478802  normal  0.402117 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1676  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.82 
 
 
349 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.945696  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  31.63 
 
 
311 aa  41.6  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5508  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.33 
 
 
104 aa  40.4  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1314  Rieske (2Fe-2S) region  30.14 
 
 
111 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0871721 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2795  Rieske iron sulfur-like protein  28.38 
 
 
170 aa  40  0.01  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>