123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4554 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
105 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000741211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4690  Rieske (2Fe-2S) domain protein  98.1 
 
 
114 aa  214  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000178918 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4688  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  91.43 
 
 
105 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0626972  hitchhiker  0.0000000488951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  82.86 
 
 
105 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.347579  hitchhiker  0.000000000639734 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62360  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  68.93 
 
 
115 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5427  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  67.96 
 
 
107 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0992  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.08 
 
 
105 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0130458  hitchhiker  0.00000000116756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0838  Rieske [2Fe-2S] region  63 
 
 
132 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000649112 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4801  Rieske (2Fe-2S) region  61.17 
 
 
105 aa  134  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0146102  hitchhiker  0.00629459 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0972  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  61.76 
 
 
110 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000277135  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42610  hypothetical protein  55.34 
 
 
105 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3370  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  42.39 
 
 
104 aa  94  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0252226 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2849  Rieske (2Fe-2S) protein  44.44 
 
 
118 aa  89  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0114  Rieske (2Fe-2S) domain protein  50.63 
 
 
108 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3574  Rieske (2Fe-2S) region  46.81 
 
 
117 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556915  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3198  ferredoxin, 2Fe-2S  43.27 
 
 
112 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0027175  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.96 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.724379  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1935  hypothetical protein  45.16 
 
 
120 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455363  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3905  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  37.04 
 
 
114 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391138  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4226  Rieske (2Fe-2S) protein  39.39 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1072  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.37 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640953  normal  0.136055 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.06 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00744341  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1065  hypothetical protein  37.76 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.967629  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0634  Rieske (2Fe-2S) region  37.37 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0990  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.06 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.37 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0994  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.06 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2190  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.06 
 
 
132 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1710  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  43.06 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5912  hypothetical protein  45.59 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.35 
 
 
153 aa  68.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0589  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.62 
 
 
126 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.03606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0659  hypothetical protein  40.19 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3141  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.31 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4829  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.18 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642068 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0821  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.86 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239168  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5489  ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  35.48 
 
 
119 aa  67  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121832  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3434  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.01 
 
 
111 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1561  hypothetical protein  37.96 
 
 
116 aa  66.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.150485  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1381  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.57 
 
 
123 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.01 
 
 
111 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.171695  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0523  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2487  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00132222  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00324792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2799  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0503713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2860  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0573473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1810  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  41.67 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3380  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.34 
 
 
111 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2272  Rieske (2Fe-2S) region  37.38 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5218  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.05 
 
 
111 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434864  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0858  Rieske (2Fe-2S) region  37.5 
 
 
120 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3650  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.97 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2392  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
124 aa  63.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348824  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5279  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
124 aa  63.9  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238737  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2008  Rieske (2Fe-2S) region  36.63 
 
 
119 aa  63.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1176  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
125 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262842  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0908  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.29 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.313285  normal  0.0276254 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0973  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0515815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1043  hypothetical protein  37.18 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0922873  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2640  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.65 
 
 
125 aa  62  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3657  Rieske (2Fe-2S) region  32.69 
 
 
121 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0676  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50 
 
 
123 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3287  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.65 
 
 
125 aa  62  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6068  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.38 
 
 
111 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0959217  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0350  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.73 
 
 
217 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5626  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.38 
 
 
111 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.164476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2167  hypothetical protein  32.35 
 
 
149 aa  60.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2735  Rieske (2Fe-2S) protein  34.83 
 
 
111 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0390389  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3193  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.28 
 
 
111 aa  59.7  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242192  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1340  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.03 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000041033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.61 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1723  Rieske (2Fe-2S) protein  37.7 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2437  Rieske (2Fe-2S) region  35.44 
 
 
127 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.55603  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3083  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.85 
 
 
121 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0130  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.07 
 
 
149 aa  57.4  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1421  Rieske (2Fe-2S) region  35.71 
 
 
122 aa  57  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1488  PfkB  39.06 
 
 
401 aa  57  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01838  rieske  44.26 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.318103  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0114  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.45 
 
 
122 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0228441  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4253  hypothetical protein  27.55 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  0.678624 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1672  hypothetical protein  37.66 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4785  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.7 
 
 
126 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2495  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.746892 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  38.75 
 
 
289 aa  47.4  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.92 
 
 
289 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0036  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.1 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.92 
 
 
289 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0559  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.05 
 
 
156 aa  46.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  34.15 
 
 
311 aa  45.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2157  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.8 
 
 
182 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00819561  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0029  Ketohexokinase  28.57 
 
 
420 aa  45.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.892362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  33.33 
 
 
99 aa  44.7  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3084  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.81 
 
 
138 aa  44.3  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.325284  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1197  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.66 
 
 
112 aa  44.3  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.430122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4000  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.25 
 
 
322 aa  44.3  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.649548 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2541  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  35.87 
 
 
111 aa  43.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1662  Rieske (2Fe-2S) protein  34.21 
 
 
125 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.282248  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  40.3 
 
 
296 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1663  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.76 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.29 
 
 
285 aa  43.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.010436 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>