More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3168 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
446 aa  866    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  37.95 
 
 
454 aa  222  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.46 
 
 
491 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  39.54 
 
 
448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.54 
 
 
448 aa  180  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.39 
 
 
492 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.96 
 
 
456 aa  176  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.73 
 
 
345 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 
453 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  48.06 
 
 
371 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 
417 aa  150  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  50.53 
 
 
358 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  37.05 
 
 
412 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  50 
 
 
346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.05 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.76 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.44 
 
 
409 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.51 
 
 
368 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  49.5 
 
 
347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.6 
 
 
450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.1 
 
 
430 aa  134  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  48.21 
 
 
326 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.7 
 
 
345 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.86 
 
 
400 aa  130  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  47.5 
 
 
346 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.5 
 
 
377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.99 
 
 
524 aa  126  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.66 
 
 
412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.31 
 
 
431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.99 
 
 
443 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  35.52 
 
 
433 aa  117  5e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.16 
 
 
434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.15 
 
 
390 aa  111  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.31 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.62 
 
 
422 aa  106  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  39.46 
 
 
357 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
464 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
464 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.18 
 
 
464 aa  105  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.1 
 
 
521 aa  104  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.51 
 
 
344 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.83 
 
 
342 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.94 
 
 
342 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.02 
 
 
347 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.55 
 
 
321 aa  99.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.45 
 
 
455 aa  98.2  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  35.98 
 
 
476 aa  97.1  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.98 
 
 
476 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  40.11 
 
 
462 aa  97.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  35.98 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  35.98 
 
 
476 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0167  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.34 
 
 
660 aa  95.9  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.58 
 
 
476 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.02 
 
 
390 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.48 
 
 
321 aa  94.7  3e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.7 
 
 
284 aa  94.7  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
439 aa  94.4  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.55 
 
 
440 aa  94  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.72 
 
 
471 aa  94  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  39.42 
 
 
682 aa  93.6  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.59 
 
 
445 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
476 aa  93.2  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  34.92 
 
 
476 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  35.29 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.92 
 
 
476 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.26 
 
 
454 aa  92.4  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
476 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  33.68 
 
 
460 aa  90.9  4e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 
470 aa  91.3  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.81 
 
 
469 aa  90.9  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.11 
 
 
334 aa  90.9  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 
476 aa  90.1  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  32.26 
 
 
427 aa  90.1  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.73 
 
 
438 aa  89.7  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  30.81 
 
 
330 aa  89.4  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.02 
 
 
464 aa  89.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.43 
 
 
423 aa  88.6  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.32 
 
 
319 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.39 
 
 
436 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.36 
 
 
433 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  31.34 
 
 
431 aa  89  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
485 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.29 
 
 
455 aa  87.4  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.69 
 
 
462 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.62 
 
 
334 aa  87.4  5e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
459 aa  87  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.06 
 
 
427 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.72 
 
 
486 aa  86.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.59 
 
 
427 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.69 
 
 
338 aa  86.3  9e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
427 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.69 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
429 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.26 
 
 
487 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.69 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.05 
 
 
509 aa  85.5  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.06 
 
 
460 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.06 
 
 
460 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  29.57 
 
 
484 aa  84.3  0.000000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.42 
 
 
474 aa  84.7  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>