More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04061 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  64.6 
 
 		 519 aa  639    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  100 
 
 		 703 aa  1454    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  45.99 
 
 		 710 aa  596  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  44.35 
 
 		 490 aa  398  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  43.19 
 
 		 493 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  42.5 
 
 		 485 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  42.69 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  43.11 
 
 		 489 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  44.25 
 
 		 500 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  43 
 
 		 489 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  44.15 
 
 		 489 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  40.51 
 
 		 488 aa  387  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  43.74 
 
 		 500 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  43.09 
 
 		 501 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  42.3 
 
 		 492 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  43.12 
 
 		 489 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  43.33 
 
 		 489 aa  382  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  42.06 
 
 		 488 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  42.8 
 
 		 493 aa  378  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  41.37 
 
 		 502 aa  374  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  42.05 
 
 		 481 aa  375  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  39.55 
 
 		 479 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  40.29 
 
 		 477 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  41.72 
 
 		 493 aa  371  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  39.88 
 
 		 489 aa  369  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  39.88 
 
 		 489 aa  369  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  39.6 
 
 		 481 aa  362  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  39.08 
 
 		 484 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  40.5 
 
 		 481 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  39.92 
 
 		 484 aa  356  6.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  40.5 
 
 		 492 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  36.98 
 
 		 489 aa  333  7.000000000000001e-90  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  36.84 
 
 		 484 aa  312  1e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  36.64 
 
 		 484 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  36.61 
 
 		 486 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  37.14 
 
 		 495 aa  307  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  34.67 
 
 		 486 aa  307  4.0000000000000004e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.63 
 
 		 484 aa  305  1.0000000000000001e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  36.27 
 
 		 484 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.32 
 
 		 484 aa  303  6.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  35.42 
 
 		 509 aa  296  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  33.8 
 
 		 494 aa  296  1e-78  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  33.45 
 
 		 534 aa  276  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  33.47 
 
 		 490 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  32.81 
 
 		 503 aa  252  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  36.36 
 
 		 571 aa  250  7e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  26.84 
 
 		 499 aa  187  5e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  31.21 
 
 		 480 aa  185  2.0000000000000003e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  29.58 
 
 		 544 aa  177  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  29.79 
 
 		 544 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  29.55 
 
 		 544 aa  171  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  30.98 
 
 		 506 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  30.63 
 
 		 484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  32.2 
 
 		 495 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  32.93 
 
 		 563 aa  161  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  28.67 
 
 		 517 aa  160  9e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  30.17 
 
 		 486 aa  158  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  25.6 
 
 		 505 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  28.02 
 
 		 545 aa  157  9e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  25.96 
 
 		 527 aa  156  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  26.44 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  27.19 
 
 		 553 aa  156  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  27.65 
 
 		 553 aa  156  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  31.61 
 
 		 494 aa  154  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  33.78 
 
 		 429 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  25.91 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  33.78 
 
 		 429 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  27.17 
 
 		 570 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28 
 
 		 484 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  33.55 
 
 		 513 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  27.7 
 
 		 506 aa  151  5e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  27.81 
 
 		 484 aa  150  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28.3 
 
 		 514 aa  150  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  35.48 
 
 		 478 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  28.4 
 
 		 495 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3269  type I restriction-modification system specificity subunit  28.81 
 
 		 498 aa  148  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.266741  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  30.36 
 
 		 489 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  27.25 
 
 		 489 aa  148  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  26.95 
 
 		 513 aa  148  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  29.14 
 
 		 479 aa  148  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  33.23 
 
 		 539 aa  148  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41600  DNA methylase  37.32 
 
 		 212 aa  148  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.43 
 
 		 504 aa  147  5e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  27.84 
 
 		 499 aa  147  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  32.39 
 
 		 537 aa  146  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  29.05 
 
 		 549 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  44.65 
 
 		 444 aa  145  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  35.31 
 
 		 477 aa  145  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 540 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  30.1 
 
 		 493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  30.45 
 
 		 493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  30.9 
 
 		 481 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  31.25 
 
 		 579 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.03 
 
 		 533 aa  140  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.21 
 
 		 530 aa  140  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  29.48 
 
 		 495 aa  139  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  31.94 
 
 		 486 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.51 
 
 		 548 aa  137  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  28.14 
 
 		 530 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.61 
 
 		 834 aa  137  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>