More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1560 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  100 
 
 		 124 aa  241  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1740  glycine cleavage system H protein  78.86 
 
 		 124 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1937  glycine cleavage system H protein  78.86 
 
 		 124 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  74.8 
 
 		 124 aa  190  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  75 
 
 		 124 aa  187  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  74.58 
 
 		 123 aa  177  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3146  glycine cleavage system H protein  69.92 
 
 		 124 aa  176  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.372329  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  69.17 
 
 		 123 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  70.09 
 
 		 122 aa  166  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  70.09 
 
 		 124 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3958  glycine cleavage system H protein  69.92 
 
 		 124 aa  158  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0639572 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  58.33 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  57.5 
 
 		 129 aa  145  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 120 aa  139  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  56.3 
 
 		 135 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2695  glycine cleavage system protein H  58.87 
 
 		 123 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  55.37 
 
 		 129 aa  137  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3863  glycine cleavage system protein H  59.83 
 
 		 122 aa  137  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394687  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  58.12 
 
 		 122 aa  136  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  58.12 
 
 		 122 aa  136  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  54.17 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  56 
 
 		 125 aa  135  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0712  glycine cleavage system protein H  55.26 
 
 		 122 aa  134  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0447  glycine cleavage system H protein  56.14 
 
 		 126 aa  133  8e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0736  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 122 aa  133  8e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  56.41 
 
 		 122 aa  132  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4386  glycine cleavage system protein H  56.56 
 
 		 121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 120 aa  131  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  56.78 
 
 		 120 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 127 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1569  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 121 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108538 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05972  glycine cleavage system protein H  53.04 
 
 		 126 aa  131  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1497  glycine cleavage system H protein  51.67 
 
 		 126 aa  130  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3845  glycine cleavage system H protein  50.43 
 
 		 128 aa  130  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 130 aa  130  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1095  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 122 aa  130  7.999999999999999e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171201  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2681  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 122 aa  130  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.341923  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  130  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 127 aa  129  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 136 aa  130  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  130  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  130  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000233  glycine cleavage system H protein  52.17 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3915  glycine cleavage system H protein  53.85 
 
 		 128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1732  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  55.37 
 
 		 125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  55.93 
 
 		 120 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  58.33 
 
 		 128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN00460  glycine dehydrogenase (decarboxylating), putative  56.41 
 
 		 160 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.528435  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  51.67 
 
 		 131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3739  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 121 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0626114  normal  0.594072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 127 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1944  glycine cleavage system H protein  51.67 
 
 		 130 aa  126  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190356 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14980  glycine cleavage system H protein  51.28 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0575486  normal  0.572027 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1285  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  0.169764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  52.89 
 
 		 124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0813  glycine cleavage system protein H  52.5 
 
 		 120 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.388148  normal  0.22287 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27674  predicted protein  51.28 
 
 		 134 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  55.86 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0953  glycine cleavage system protein H  51.3 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5450  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 121 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749655 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0046  glycine cleavage system H protein  53.39 
 
 		 122 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517546  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1870  glycine cleavage system protein H  52.42 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.510899  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  52.07 
 
 		 127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1619  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 121 aa  125  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22510  hypothetical protein  51.18 
 
 		 130 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000276765  hitchhiker  0.0000150311 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  52.1 
 
 		 129 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1516  glycine cleavage system H protein  46.61 
 
 		 125 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0307602  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 126 aa  124  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0721  glycine cleavage system H protein  47.5 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1851  glycine cleavage system protein H  51.61 
 
 		 123 aa  123  8.000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0324659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3527  glycine cleavage system protein H  52.5 
 
 		 120 aa  123  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.36925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 127 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>