21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0017 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0017  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 1249 aa  2365    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0303219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2080  Tetratricopeptide TPR_4  30.26 
 
 		 1343 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0772  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 		 1296 aa  372  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.939745  normal  0.176155 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2275  putative signal peptide protein  30.02 
 
 		 1332 aa  338  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.747058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5545  TPR repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1279 aa  316  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.768449 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5289  TPR repeat-containing protein  28.11 
 
 		 1306 aa  277  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0796191  normal  0.247502 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1042  TPR repeat-containing protein  29.56 
 
 		 1345 aa  253  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3205  hypothetical protein  30.19 
 
 		 942 aa  244  6e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1964  hypothetical protein  27.2 
 
 		 944 aa  240  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.144007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1492  putative signal peptide protein, TPR domain-containing  28.67 
 
 		 1327 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4156  hypothetical protein  27.79 
 
 		 1368 aa  201  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.369089  normal  0.090251 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2441  hypothetical protein  24.38 
 
 		 1190 aa  195  4e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24490  hypothetical protein  26.56 
 
 		 1193 aa  140  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2074  hypothetical protein  25.79 
 
 		 1193 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0537  hypothetical protein  19.46 
 
 		 942 aa  94.4  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00112952  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3206  putative signal peptide protein  29.89 
 
 		 299 aa  85.9  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.987055  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2974  signal peptide protein  31.45 
 
 		 1332 aa  83.2  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0173791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1646  hypothetical protein  25 
 
 		 755 aa  72.8  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.557142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1963  putative signal peptide protein  28.08 
 
 		 299 aa  63.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.789583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1735  tetratricopeptide TPR_4  25.27 
 
 		 900 aa  63.2  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1903  TPR repeat-containing protein  37.38 
 
 		 1062 aa  58.5  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>