More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1587 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 118 aa  237  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  75.42 
 
 		 118 aa  190  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  66.1 
 
 		 122 aa  167  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  60.34 
 
 		 119 aa  154  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  60.34 
 
 		 119 aa  154  6e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  58.12 
 
 		 123 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  55.08 
 
 		 122 aa  137  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  45.3 
 
 		 119 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 120 aa  118  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  47.75 
 
 		 125 aa  116  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 		 127 aa  115  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 		 118 aa  114  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 		 118 aa  114  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 		 127 aa  114  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 131 aa  114  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 		 118 aa  113  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 138 aa  113  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 121 aa  113  8.999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 138 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 139 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 		 118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 117 aa  110  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  46.02 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  45.13 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  47.37 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 		 121 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 119 aa  107  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 116 aa  106  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  40.34 
 
 		 119 aa  105  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 122 aa  105  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 119 aa  105  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  42.2 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 116 aa  100  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 		 171 aa  100  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  38.98 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 138 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 129 aa  98.6  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 123 aa  98.2  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 128 aa  97.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 128 aa  97.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  43.27 
 
 		 156 aa  97.4  6e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  42.73 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 126 aa  95.5  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 133 aa  95.9  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 138 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 133 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 		 128 aa  94  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 137 aa  94  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 127 aa  94  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 147 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 129 aa  92.8  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 169 aa  90.5  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  42.72 
 
 		 162 aa  89.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  35.71 
 
 		 160 aa  89.4  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 117 aa  88.6  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 134 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4215  ribosome-binding factor A  39.05 
 
 		 123 aa  88.2  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0306353 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 119 aa  87.8  4e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 		 151 aa  87.8  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 159 aa  87.4  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 154 aa  87.8  5e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 137 aa  87.4  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 130 aa  87  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 117 aa  84.7  4e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 123 aa  84.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 132 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  33.9 
 
 		 122 aa  84.3  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 136 aa  84.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 127 aa  84  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 129 aa  84.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>