More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2778 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  100 
 
 		 153 aa  317  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  74.13 
 
 		 163 aa  234  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  73.94 
 
 		 149 aa  215  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  68.28 
 
 		 148 aa  212  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  68.31 
 
 		 148 aa  210  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  69.01 
 
 		 152 aa  209  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  68.06 
 
 		 147 aa  205  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0935  ribonuclease H  72.73 
 
 		 152 aa  200  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  59.44 
 
 		 145 aa  192  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  60.71 
 
 		 149 aa  185  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  62.32 
 
 		 164 aa  184  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  57.53 
 
 		 154 aa  184  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  60 
 
 		 153 aa  184  6e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  57.34 
 
 		 145 aa  182  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  56.16 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  59.29 
 
 		 150 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  180  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  58.27 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  55.48 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  54.73 
 
 		 151 aa  179  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  57.45 
 
 		 150 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  57.45 
 
 		 150 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  56.34 
 
 		 143 aa  178  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  58.99 
 
 		 155 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  58.99 
 
 		 155 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  58.99 
 
 		 155 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  58.99 
 
 		 155 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  58.99 
 
 		 155 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  57.75 
 
 		 150 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  55.4 
 
 		 157 aa  176  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  55.48 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  57.25 
 
 		 146 aa  175  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  55.4 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  54.48 
 
 		 153 aa  174  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  52.98 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  60.14 
 
 		 166 aa  174  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  52.98 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  54.48 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  57.55 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  53.79 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  52.78 
 
 		 158 aa  174  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  53.79 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  57.66 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  56.74 
 
 		 155 aa  174  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  58.04 
 
 		 156 aa  174  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  56.12 
 
 		 156 aa  173  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  54.55 
 
 		 148 aa  173  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  54.55 
 
 		 148 aa  173  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  54.17 
 
 		 152 aa  173  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  54.55 
 
 		 148 aa  173  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  58.7 
 
 		 147 aa  173  9e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  54.55 
 
 		 148 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  57.14 
 
 		 154 aa  173  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  52.78 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  53.06 
 
 		 150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  52.11 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  55.56 
 
 		 152 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  54.61 
 
 		 143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  57.45 
 
 		 148 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  54.29 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  56.93 
 
 		 155 aa  171  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  54.29 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  55.56 
 
 		 161 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  54.29 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  54.61 
 
 		 143 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  56.2 
 
 		 154 aa  170  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  53.15 
 
 		 145 aa  170  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  54.61 
 
 		 153 aa  170  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  52.78 
 
 		 156 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  52.11 
 
 		 185 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  53.96 
 
 		 146 aa  170  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  53.74 
 
 		 150 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  54.86 
 
 		 155 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  51.41 
 
 		 161 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  52.82 
 
 		 153 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  55 
 
 		 151 aa  169  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  52.35 
 
 		 153 aa  169  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  53.24 
 
 		 156 aa  169  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  56.43 
 
 		 154 aa  169  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  51.41 
 
 		 158 aa  168  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  55.47 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  53.24 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  55 
 
 		 148 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  53.24 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  52.11 
 
 		 158 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  52.11 
 
 		 158 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  53.24 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  53.24 
 
 		 156 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  58.82 
 
 		 159 aa  167  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  52.11 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  51.39 
 
 		 148 aa  167  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  51.39 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  54.29 
 
 		 148 aa  167  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>