More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2643 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  653    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.32 
 
 
326 aa  632  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.21 
 
 
333 aa  549  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.48 
 
 
325 aa  544  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  78.83 
 
 
326 aa  528  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.23 
 
 
325 aa  520  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.16 
 
 
324 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  64.04 
 
 
324 aa  421  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2593  oligopeptide ABC transporter, permease protein  60.19 
 
 
343 aa  394  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.87 
 
 
344 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
343 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416644 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.28 
 
 
339 aa  384  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0777268  normal  0.809759 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.36 
 
 
339 aa  375  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.186938  normal  0.127201 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
332 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.06 
 
 
321 aa  291  9e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.06 
 
 
321 aa  290  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  43.21 
 
 
321 aa  288  8e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.52 
 
 
321 aa  287  2e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
321 aa  286  4e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
321 aa  286  5e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
321 aa  280  2e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
321 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
312 aa  270  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.65 
 
 
321 aa  266  5e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  43.34 
 
 
321 aa  265  1e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
316 aa  261  1e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  38.82 
 
 
316 aa  259  4e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  38.2 
 
 
316 aa  259  4e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.51 
 
 
316 aa  258  1e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.2 
 
 
316 aa  256  4e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.82 
 
 
316 aa  256  5e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.2 
 
 
316 aa  255  6e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  38.2 
 
 
316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.2 
 
 
316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
321 aa  252  5.000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.3 
 
 
318 aa  252  6e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
321 aa  251  1e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
321 aa  251  1e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  40.99 
 
 
318 aa  249  5e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.37 
 
 
318 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
334 aa  248  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
318 aa  246  4e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  39.88 
 
 
310 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.37 
 
 
318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  40.68 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.68 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
338 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000124721  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0246  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.48 
 
 
307 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0542782  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
334 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.92 
 
 
319 aa  239  5e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
322 aa  239  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
319 aa  238  8e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
328 aa  238  8e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000323084  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
331 aa  238  1e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 
349 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  hitchhiker  0.0000268959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6954  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.44 
 
 
319 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 
349 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
338 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.74 
 
 
317 aa  236  4e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000495045  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1749  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.62 
 
 
319 aa  236  4e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.258906  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
319 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
319 aa  235  7e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.92 
 
 
320 aa  235  9e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5300  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  40.74 
 
 
316 aa  235  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340844  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.51 
 
 
333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  40.51 
 
 
307 aa  233  3e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.51 
 
 
307 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  41.59 
 
 
318 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
319 aa  233  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.93 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000859188  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  39.3 
 
 
336 aa  233  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  40.12 
 
 
305 aa  232  5e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
319 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
320 aa  231  1e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000461837  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.94 
 
 
336 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.51 
 
 
305 aa  230  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  37.73 
 
 
316 aa  230  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
314 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
320 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
320 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  39.38 
 
 
313 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0776  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.15 
 
 
320 aa  229  4e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000429836  hitchhiker  0.000000000000473305 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
353 aa  229  5e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
309 aa  229  5e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.43 
 
 
332 aa  229  5e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
319 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  39.81 
 
 
319 aa  228  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.32 
 
 
314 aa  228  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
313 aa  228  1e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
313 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
316 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.12 
 
 
336 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
342 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.552398  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>