155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1063 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02500  predicted inner membrane protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.048331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2895  putative cytochrome C assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.97657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02464  hypothetical protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0370315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1072  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00835827  normal  0.0177644 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2763  putative cytochrome C assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0166622  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3000  putative cytochrome C assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.09297e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3850  putative cytochrome C assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  1.0196e-07  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1063  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.02411e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2770  putative cytochrome C assembly protein  100 
 
 
288 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.34415e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3092  cytochrome c assembly protein  85.07 
 
 
288 aa  482  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000526591  normal  0.131985 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0850  cytochrome c assembly protein  76.05 
 
 
284 aa  401  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00175266  hitchhiker  1.87767e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3205  cytochrome c assembly protein  71.97 
 
 
264 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00378275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1122  cytochrome c assembly protein  71.59 
 
 
264 aa  378  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0765442  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3366  cytochrome c assembly protein  74.81 
 
 
263 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0757452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3231  putative cytochrome C assembly protein  74.81 
 
 
263 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00112943  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0885  hypothetical protein  74.81 
 
 
263 aa  375  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.215466  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2862  cytochrome c assembly protein  68.56 
 
 
264 aa  359  4e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0989  cytochrome c assembly protein  70.08 
 
 
264 aa  350  1e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00443363  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002534  CcsA-related protein  53.67 
 
 
264 aa  275  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03482  hypothetical protein  53.67 
 
 
264 aa  259  5e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0093  hypothetical protein  51.74 
 
 
267 aa  249  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.00922e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0647  inner membrane protein, putative cytochrome c assembly protein  49.03 
 
 
264 aa  233  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.650824  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1157  cytochrome c assembly protein  43.89 
 
 
262 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.03609e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1047  cytochrome c assembly protein  43.51 
 
 
262 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00493417  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1428  permease  42.42 
 
 
265 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.219034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1252  cytochrome c assembly protein  45.04 
 
 
262 aa  201  1e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.44074e-08  hitchhiker  1.56209e-06 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3369  cytochrome c assembly protein  41.06 
 
 
263 aa  199  4e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2922  cytochrome c assembly protein  39.31 
 
 
262 aa  197  2e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0887  hypothetical protein  43.13 
 
 
262 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.8995  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1166  cytochrome c assembly protein  41.98 
 
 
262 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00369516  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1285  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
262 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.46299e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1252  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
262 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.97541e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1208  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
262 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.14986e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3019  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
262 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  5.24804e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3105  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
262 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.97765e-06  normal  0.104427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2922  cytochrome c assembly protein  41.22 
 
 
262 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.140112  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1355  hypothetical protein  41.6 
 
 
262 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2840  cytochrome c assembly protein  41.22 
 
 
262 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.54809e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2756  cytochrome c assembly protein  39.69 
 
 
262 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.3762e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1061  cytochrome c assembly protein  43.51 
 
 
262 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000186655  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1669  cytochrome c assembly protein  38.22 
 
 
262 aa  184  2e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01689  cytochrome c assembly protein  38.08 
 
 
265 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  4.13644e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4075  cytochrome C assembly family protein  34.63 
 
 
265 aa  148  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186491  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1017  cytochrome c assembly protein  32.62 
 
 
270 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  0.587271 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4159  cytochrome c assembly protein  34.8 
 
 
269 aa  120  2e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.25819  normal  0.436154 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0445  cytochrome c assembly protein  36.23 
 
 
289 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1065  cytochrome c assembly protein  34.31 
 
 
269 aa  114  2e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4261  cytochrome c assembly protein  34.31 
 
 
283 aa  114  2e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.99902  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1460  cytochrome c assembly protein  31.38 
 
 
283 aa  112  8e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1280  cytochrome c assembly protein  33.91 
 
 
284 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3403  cytochrome c assembly protein  32.37 
 
 
266 aa  108  7e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.887838  normal  0.688779 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2262  cytochrome c assembly protein  37.57 
 
 
282 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.262308  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0672  cytochrome c assembly protein  29.43 
 
 
269 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1471  hypothetical protein  33.91 
 
 
270 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.250309  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1371  hypothetical protein  33.62 
 
 
266 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1939  cytochrome c assembly protein  35.55 
 
 
280 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.664487 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2312  cytochrome c assembly protein  30.42 
 
 
268 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15940  hypothetical protein  39.24 
 
 
266 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1201  metal dependent phosphohydrolase  34.47 
 
 
261 aa  98.6  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1337  hypothetical protein  34.63 
 
 
273 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0591  cytochrome c assembly protein  32.74 
 
 
263 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0843  cytochrome c assembly protein  38.3 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39590  Cytochrome c assembly-like protein  31.8 
 
 
266 aa  95.5  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0521  cytochrome c assembly protein  29.78 
 
 
269 aa  94.7  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312653  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3772  cytochrome c assembly protein  29.65 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0034021  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0997  cytochrome c assembly protein  27.45 
 
 
269 aa  92  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2133  cytochrome c assembly protein  35.42 
 
 
275 aa  90.9  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.324766  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0641  cytochrome c assembly protein  28.39 
 
 
279 aa  90.1  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1177  cytochrome c assembly protein  33.55 
 
 
276 aa  89.7  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.262716  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3018  cytochrome c assembly protein  32.86 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00647598  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1149  cytochrome c assembly protein  32.38 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0127  cytochrome c assembly protein  33.33 
 
 
280 aa  85.5  9e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.496419  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0046  cytochrome c assembly protein  33.33 
 
 
263 aa  85.5  9e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.975637  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0144  hypothetical protein  31.52 
 
 
265 aa  85.5  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.772264  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0056  hypothetical protein  31.52 
 
 
265 aa  85.5  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.046398  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0961  cytochrome c assembly protein  30.63 
 
 
270 aa  79.3  6e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1986  cytochrome c assembly protein  28.64 
 
 
268 aa  78.2  1e-13  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1708  hypothetical protein  28.5 
 
 
268 aa  79  1e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.61279  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3627  cytochrome c assembly protein  32.08 
 
 
266 aa  77.8  2e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.470506  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2937  cytochrome c assembly protein  32.08 
 
 
266 aa  77.8  2e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.390266  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1623  cytochrome c assembly protein family  30.06 
 
 
182 aa  76.6  4e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0256537  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2372  transmembrane protein  32.28 
 
 
262 aa  77  4e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.34584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3343  cytochrome c assembly protein  32.52 
 
 
267 aa  76.3  5e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0560  cytochrome C assembly protein  30.06 
 
 
178 aa  76.6  5e-13  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.0432e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0425  cytochrome c assembly protein  34.44 
 
 
266 aa  75.9  7e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2671  cytochrome c assembly protein  35.82 
 
 
274 aa  72.8  6e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.43586e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02262  putative cytochrome C assembly protein  30.92 
 
 
263 aa  68.6  1e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0202  cytochrome c assembly protein  28.49 
 
 
282 aa  66.2  6e-10  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.848267  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0220  cytochrome c assembly protein  27.57 
 
 
282 aa  65.9  8e-10  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.141329  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0377  cytochrome c assembly protein  30.25 
 
 
255 aa  65.1  1e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015203 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0869  cytochrome c assembly protein  35.14 
 
 
265 aa  63.5  4e-09  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3219  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like protein  31.87 
 
 
274 aa  63.5  4e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1501  cytochrome c assembly protein  29.73 
 
 
224 aa  62.8  6e-09  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3378  cytochrome c assembly protein  27.78 
 
 
268 aa  62  1e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00167911  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1150  cytochrome C assembly family protein  30.57 
 
 
299 aa  62  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3093  cytochrome c assembly protein  25 
 
 
312 aa  59.7  6e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.349808  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3514  cytochrome C assembly family protein  32.46 
 
 
299 aa  59.3  7e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2513  cytochrome C assembly family protein  32.46 
 
 
299 aa  59.3  7e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0435  cytochrome C assembly family protein  32.46 
 
 
299 aa  59.3  7e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.75155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3269  cytochrome C assembly family protein  32.46 
 
 
299 aa  59.3  7e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>