275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0004 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 96 bp  67.9  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.020254  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0026  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.215798  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  60  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  82.8 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2271  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199643  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2146  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.643322  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1587  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.105956  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1331  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0343  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00912352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1751  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.921389  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>